1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagctccatgggatactcatcctggacatttgtttctccattctggcaaatacgaatattttaataatagtgctcgtgttgtgctagtttaaaaagagttaaaatgtcacatgtacttgttacagAAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAGACTGCATGAACAAGTGGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g12750.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAGATGTTAAAGA AAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAGEST: gi|86593173|gb|CI255635.1|CI255635
genomic: CAAGATGTTAAAGAgtaagctcca ... cttgttacagAAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAG
EST: CAAGGTGGAATGAGTGTGTCGCCTAGAGTTTCTACTCAAGATGTTAAAGA AAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAGEST: gi|87026973|gb|CI259626.1|CI259626
genomic: CAAGGTGGAATGAGTGTGTCGCCTAGAGTTTCTACTCAAGATGTTAAAGAgtaagctcca ... cttgttacagAAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAG
EST: GATGTTAAAGA AAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAGEST: gi|66924931|gb|CX111779.1|CX111779
genomic: GATGTTAAAGAgtaagctcca ... cttgttacagAAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAG
EST: CAAGGTGGAATGAGTGTGTCTCCTAGAGTTTCTACTCAAGATGTTAAAGA AAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAG
genomic: CAAGGTGGAATGAGTGTGTCGCCTAGAGTTTCTACTCAAGATGTTAAAGAgtaagctcca ... cttgttacagAAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAG
tgctcgtgttgtgctagtttaaaaagagttaaaatgtcacatgtacttgttacagAAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAGACTGCATGAACAAGTGGAG
tagtttaaaaagagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagctccatgggatactcatcctggacatttgtttctccattctggcaaatacgaatattttaataatagtgctcgtgttgtgctagtttaaaaagagttaaaatgtcacatgtacttgttacagAAATCAAGAGGTCAAGGAAGCATTGCGAGCTCAGATGGAAATGCAACGAAGACTGCATGAACAAGTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG