Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtatttatatcttttgcaactcctgtctttgtagttttttatatttgtatgtctttgagcttaatcgttagtatgctatttccatggctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGACAGTTGGCAGTGGGTCCAGTGGCTCTTGTCTCTCTTCTAGTTTCTAATGT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g06499.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g06499.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G068212_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtaagtatttatatcttttgcaactcc-tgtctttgtagttttttatatttgtatgtctttgagcttaatcgttagtatgctatttccatgg-ctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGACAGTTGGCAGTGGGTCCAGTGGCTCTTGTCTCTCTTCTAGTTTCTAATGT
|||||| |||  |||| |     |||  | |  || ||  || | |  |  |    | |   |    || | | |   |   |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| ||  ||||  | ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||
gtaagtgtttccatctctaattcctctattttcttctatgttctcaagtgagctcatttggtaatgcaaccat-atcttttcatttccatgttctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGTTATTTATATATGCAATATTTGGCTCGTCACGACAACTAGCAGTAGGTCCAGTGGCACTTGTTTCTCTTCTTGTATCCAATGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29643060|gb|CB648067.1|CB648067
EST:     GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGAGGTTAT                         ACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGA
genomic: GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATG-GGTTATgtaagtattt ... ggctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGA
EST: gi|29678820|gb|CB675095.1|CB675095
EST:     GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTAT                         ACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC
genomic: GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTATgtaagtattt ... ggctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC
EST: gi|117236351|gb|CT842269.1|CT842269
EST:     GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTAT                         ACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC
genomic: GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTATgtaagtattt ... ggctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC
EST: gi|29614648|gb|CB619661.1|CB619661
EST:     GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTAT                         ACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC
genomic: GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTATgtaagtattt ... ggctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC
EST: gi|29674506|gb|CB670781.1|CB670781
EST:     GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTAT                         ACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC
genomic: GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTATgtaagtattt ... ggctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC
EST: gi|38474049|gb|CF958181.1|CF958181
EST:     GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTAT                         ACACAGGCTTAGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATAAATGGCTCATCGAGAC
genomic: GCAATGTCATATGCAAAGTTGGCTGGGCTTCACCCAATATATGGGTTATgtaagtattt ... ggctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatttgtatgtctttgagcttaatcgttagtatgctatttccatggctgaacagACACAGGCTTTGTCCCGCTATTTGTCTATGCAATTTTTGGCTCATCGAGACAGTTGGCAGTGGGTCCAGTGGCTCTTGTCTCTCTTCTAGTTTCTAATGT
                  gcttaat  putative branch site (score: 4)
                           ttagtat  TA-rich tract