1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...aaacttgtatactcaagtaactcaaagaatgtatgatcgcattcttttcttcgatatgtgctgcactgtaaaatgtgtaataggcatggttgttttgtagGGCTGATGCCCAGGAGAGTAAACCAGAAGAGTCAACAGCAGCTGGAAGACAGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g41500.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAATGTGGTGATACACCAAATGAAGCGAGAAATGACATTCAAGGAATGAG GGCTGATGCCCAGGAGAGTAAACCAGAAGAGTCAACAGCAGCTGGAAGACA
genomic: GAATGTGGTGATACACCAAATGAAGCGAGAAATGACATTCAAGGAATGAGgtcagctctt ... tgttttgtagGGCTGATGCCCAGGAGAGTAAACCAGAAGAGTCAACAGCAGCTGGAAGACA
tttcttcgatatgtgctgcactgtaaaatgtgtaataggcatggttgttttgtagGGCTGATGCCCAGGAGAGTAAACCAGAAGAGTCAACAGCAGCTGGAAGACAGAAG
ttgtttt CT-rich tract
taaaatgtgtaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaacttgtatactcaagtaactcaaagaatgtatgatcgcattcttttcttcgatatgtgctgcactgtaaaatgtgtaataggcatggttgttttgtagGGCTGATGCCCAGGAGAGTAAACCAGAAGAGTCAACAGCAGCTGGAAGACAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- -cttgtat
- - - - - - - - - -actcaaa
- - - - - - - - - - - - - - atgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcatgg