1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gatttggaagttttacatttgttttactcatatagaaaatattcatgcacgtggatcttctgagatgtatcattatgctaacatacttctctggttttagGCACTGGATGACCCTTCGCAATCCCATGAGAAGTTTGCAGTTGGGACTAAAGTGCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGGGAGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g01840.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACTGCAGTCAGAG GCACTGGATGACCCTTCGCAATCCCATGAGAAGTTTGCAGTTGGGACTAAA
genomic: GACTGCAGTCAGAGgtagctctct ... ctggttttagGCACTGGATGACCCTTCGCAATCCCATGAGAAGTTTGCAGTTGGGACTAAA
tgcacgtggatcttctgagatgtatcattatgctaacatacttctctggttttagGCACTGGATGACCCTTCGCAATCCCATGAGAAGTTTGCAGTTGGGACTAAAGTGCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGGGAGTG
tgctaac putative branch site (score: 36)
tacttctct CT-rich tract
tatcattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatttggaagttttacatttgttttactcatatagaaaatattcatgcacgtggatcttctgagatgtatcattatgctaacatacttctctggttttagGCACTGGATGACCCTTCGCAATCCCATGAGAAGTTTGCAGTTGGGACTAAAGTGCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGGGAGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - acatttg
- - - - - - - - - - - - - - - -atagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacatac