Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g41750.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
----gtactctcatgcaaaacgaaagctg-tatggttttgcttgga-----ttcctgctct---atttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
    |  | | | | | ||  | || |   |     |||  || ||     ||| || | |   || | | |||| ||  ||  || | |  ||   |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||| | || ||||
gtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgtt-ttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGTCATCCTGTCAACCTATACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
  |  | | ||| |   | ||   ||||| | |||   |       || | |  || |  ||||  ||| |   |||  |    ||||| ||||| ||||| || || || |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
gtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaa-----tggtttggttgta-attg--ttgtttgacttgag----cagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G33240.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
  |  | | ||| |   | |    ||||| |||||   |       || | | ||| |  ||||  ||| |   |||  |    ||||| ||||| ||||| || || || |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  | || || ||    || ||||
gtttgttttatggaggcctattattgtattgttttatgtaa-----tggtttttttgta-attg--ttgtttgacttgag----cagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATATATGATTTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctcta-tttatgtattgatttgctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
||    ||| |  ||  ||      | ||   ||| |   |||   |   |  ||| | |  || |||   ||| |||| |||   ||||| ||||||||||| ||  | || || ||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
gtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagttg-tgatattgtggtgttgctttgtatgatggttt-tggttgtttgctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGTTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgattt--gctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
      |  || | ||  ||   || |   ||||   || ||| |||   ||| ||||  ||| ||     || | ||||  ||   ||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||  | || || ||    || ||||
----gtttgtgtagaagcaactttgaactctttt---tgtatttctg---tatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
--gtactctcatgcaa-aacgaaagctgtatggttttgct--tggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
   |  ||||  | |   ||    | | || | || || |  |||  |  ||||    || |||  || |||   ||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||  | || || ||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
gtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgct----ttgtgtgatggttt-tggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctg-tatggttttgcttggattcctgctcta-tttatgtattgatttgctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
||  | |  |||| || | |    | | ||   ||  |   |||   |   |  ||| |||  || |||   ||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||  | || || ||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
gt-ttgttctgcagaagggacttgggtttgaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttt-tggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv18s0001g11660.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
----gtactctcatgc--aaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgt-attgatttgct-gttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
    | |   |  |||  | || |  | |  || ||  ||   |       |||||       || | |    | |  | |  ||||   ||  | ||| |||           || || |     ||  || |    |  |   ||||| |   |  | |||     |||  | | |  |     |  |    
gtgtggagctttgtgctgagaaagttaacaataggggctt--ctatgccattgctcaggcagagtcactacgatacaagCTTCTTGGAGGACTTGCTATGGTGT--------TCTAAGGTTTGTTATGGAAAGT----GGGGCGAAAGGATGTG-AAGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTTGTGCTCAGCGTGC--

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctattt-atgtattgatttg------ctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                      || ||  | ||| | ||  ||| |   | |||| ||||    | |||      ||  ||| |  | | |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || || |||||||| ||||| || |||||||| || |||||| | ||||||||    || ||||
----------------gtttgtctatagagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-----------gtactctcatgcaaa-acgaaagctgtatggttttgctt--------ggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttg----gtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
               | || |||||   | |     |    ||| || |          || |   ||| ||| |  |  || ||||| | |  |||      |||  |||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||| | ||||| ||    || || |
gtttgtttaaaactgtttcttgcaattgctactatcgcccagttctgttctagaagtgagaataaagctttatattggattttatttgatttcattttccacatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTAAGGATGGATACATGATATCCTCGGGTCAGCCTGTCAAAGAATACATCG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggttta-cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
||     |||   || |        |   | |||   |  ||   |     | |||||| ||    |||| ||  |  |  || ||||| ||||| ||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| | || || ||    |||||||
gtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttt-tatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATATCTTCTGGTCAGCCAGTCAAGGAATATATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
----gtactctcatgcaaaacgaa-agctgtatggttttg---cttggattcctgctctatttatgtattgat-------ttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
     | ||||  |      | |  | ||||   |         ||  | |  |  | || |||  |    ||       |||||||   |||||  ||||||||||||||| || |||||  | ||    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||    ||||| |||   || || |
acatcttctctagtatgcggcaagtatctgtcaagcaaaaaactttacaatttttttttaattaaatgcaaatgatctcgttgctgtatgttggta-acagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------------------gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttg--gattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                   | | ||  | ||    |||   || | | | |||  ||  ||||| | || | | ||   |||  ||||  | |    |  | |||||| || |||||||| |||||| | ||    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    ||||| |||   || ||||
aattgagctttagcactgcttcactgttacatctggaagattgcaggatattgtatgtagattcat-ctttgtcta---attagtttgtgggtggcgg--tcacagGTGATAGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCAAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATATCATCTGGAAGCCCTGTCAACGACTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-------------gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttt-tgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
             | | |     |    | || | | | ||  ||| || ||   |   |||     || |||   ||| |       ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||  | ||     | || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||    ||||| ||    || || |
tcctttttctcatggagtagtgcgtctgaagacacccgaatactttctggttaagtaggtgcaagcattgtgtgacgatgttagcgggtttggcttgcagGTCATTGTCAGTGGCAAGCTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGACGGCTACATGATTTCATCCGGAAGCCCTGTCAATGATTACATCG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
--gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgct-----ctatttatgtattgatttgc-tgttctttggt-------ttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
  | | | | |    |||   | | |||  | |   | ||| | | ||          |  |||   ||| |   | | |||  | ||       || ||||| || || ||||| |||||  | ||    ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||    ||||| |||   || ||||
atggagtttgaactgaaatatatgatgtg-gttaacgtttgtactactatcagttatcagctatcagttgctcaacgtattccatcgtgtgacggttgcagGTGATCGTAAGTGGAAAGCTGCGCGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGCTATATGATTTCATCAGGAAGCCCTGTCAACGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ31038 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                        ||||||     ||        |   || || | ||  | | ||  |          || ||||| |||||||| || |||||  | || || || || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||    || || |||  ||  || |
------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttgtaactttattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATCG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ34304 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                        ||||||     ||        |   || || | ||  | | ||  |          || ||||| |||||||| || |||||  | || || || || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||    || || |||  ||  ||||
------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttgtaacttcattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ34676 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                        ||||||     ||        |   || || | ||  | | ||  |          || ||||| |||||||| || |||||  | || || || || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||    || || |||  ||  ||||
------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttgtaactttattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88994541|gb|CI117693.1|CI117693
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86824581|gb|CI264913.1|CI264913
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88983289|gb|CI028526.1|CI028526
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206709|gb|CI206558.1|CI206558
EST:     GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88995801|gb|CI037144.1|CI037144
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86823017|gb|CI253952.1|CI253952
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|55431604|gb|CV728818.1|CV728818
EST:     TGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206060|gb|CI205909.1|CI205909
EST:     GGTGCTAAGGTCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88962995|gb|CI025481.1|CI025481
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|3759681|gb|C96939.1|C96939
EST:     GCTATGGTGTGCCCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTNCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88955442|gb|CI091534.1|CI091534
EST:     AAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206670|gb|CI206519.1|CI206519
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86545284|gb|CI185490.1|CI185490
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88216637|gb|CI214737.1|CI214737
EST:     AGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88907969|gb|CI090565.1|CI090565
EST:     TAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88209932|gb|CI209781.1|CI209781
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|2280569|gb|C25064.1|C25064
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTNAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88237411|gb|CI237260.1|CI237260
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86546712|gb|CI186918.1|CI186918
EST:     AAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88216681|gb|CI214781.1|CI214781
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|33661397|gb|CF292364.1|CF292364
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88828939|gb|CI073809.1|CI073809
EST:     TTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86416691|gb|CI030702.1|CI030702
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88982856|gb|CI028269.1|CI028269
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86532591|gb|CI172797.1|CI172797
EST:     GTTTGTTATGGAAAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|15851726|gb|BI800002.1|BI800002
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206737|gb|CI206586.1|CI206586
EST:     GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88209026|gb|CI208875.1|CI208875
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86416739|gb|CI030750.1|CI030750
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88242074|gb|CI241923.1|CI241923
EST:     GCTATGTTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86510759|gb|CI153392.1|CI153392
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 55 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 39

GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                           tattgat  putative branch site (score: 39)
                                     ctgttcttt  putative PPT
                   tatttatgtattgatt  TA-rich tract