1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tgtaatgtgctatctagttcccatgatggaaaatatgtttgtctgtgatatcaaattttatctcagctaacttttcaatttgcattttacgtctcctcagGTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGCTACAGCAGTTGTTGTGAACAAAAGGAGAAGGAATATGCTTAAGGAGTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g07250.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCATGAAAACGGCAGAAATGGGATCATAGATCTGTTCTTCCAGGAGAG GTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGCEST: gi|29660022|gb|CB656297.1|CB656297
genomic: AACCATGAAAACGGCAGAAATGGGATCATAGATCTGTTCTTCCAGGAGAGgtttgtttac ... gtctcctcagGTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGC
EST: AACCATGAAAACGGCAGAAATGGGATCATAGATCTGTTCTTCCAGGAGAG GTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGCEST: gi|58684643|gb|CK073330.1|CK073330
genomic: AACCATGAAAACGGCAGAAATGGGATCATAGATCTGTTCTTCCAGGAGAGgtttgtttac ... gtctcctcagGTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGC
EST: GAAAACGGCAGAAATGGGATCATAGATCTGTTCTTCCAGGAGAG GTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGC
genomic: GAAAACGGCAGAAATGGGATCATAGATCTGTTCTTCCAGGAGAGgtttgtttac ... gtctcctcagGTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGC
tgatatcaaattttatctcagctaacttttcaatttgcattttacgtctcctcagGTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGCTACAGCAGTTGTTGTGAACAAAAGGAGAAGGAATATGCTTAAGGAGTTG
agctaac putative branch site (score: 29)
ttttacgtctcctc putative PPT
taacttttcaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtaatgtgctatctagttcccatgatggaaaatatgtttgtctgtgatatcaaattttatctcagctaacttttcaatttgcattttacgtctcctcagGTACTTGAATGCAATCCAGACAAATGCACCACATCTTCTGAGATACCTTGCTACAGCAGTTGTTGTGAACAAAAGGAGAAGGAATATGCTTAAGGAGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- -aatgtgc
- - - - - - - - - - -catgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgcatt