Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattcagagtgctgggaattatctaaaaaaaaaatgtttatcacttgtcatgcatttagatttttagtgattctgttgaagataatccatgtgcattttcatattgcttggatcaatagtgttaagctcttaagtagctaccagtcttcaggcttgatgtaatgtgttccatatgataacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAAGTTCCTGATGCATTGAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g49110.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g49110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv18s0001g02550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtattcagagtgctgggaattatctaaaaaaaaaatgtttatcacttgtcatgcatttagatttttagtgattctgttgaagataatccatgtgcattttcatattgcttggatcaatagtgt-taagctcttaagtagctaccagtcttcaggcttgatgtaatgtgttccatatgataacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAAGTTCCTGATGCATTGAAG
                                                                               ||| | ||   | ||| | |  ||  |  |  | |  ||    | | ||||  |  |||          | || ||    | | | ||||  ||| |   ||  |||||||    ||| | || ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||
-----------------------------------------------------------------------------ataagcttatt--tttgcttataaatggttgtctggtggatcccatatgagcttcttggta-----tgtcttccatgcactttctgaagtgt--catctttcaa--tgcagGTTGCAAAGGCCCGGGATGTTGGTGTAAACAGTGTTGTGCTCTTTCCTAAAGTTCCAGATGCCTTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58606899|gb|CK034932.1|CK034932
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29681115|gb|CB677390.1|CB677390
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29644874|gb|CB649881.1|CB649881
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29616370|gb|CB621382.1|CB621382
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29619108|gb|CB624120.1|CB624120
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29613357|gb|CB618370.1|CB618370
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAA-
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|58605499|gb|CK033532.1|CK033532
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29666981|gb|CB663256.1|CB663256
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29660427|gb|CB656702.1|CB656702
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29617546|gb|CB622558.1|CB622558
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29621569|gb|CB626580.1|CB626580
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29673911|gb|CB670186.1|CB670186
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29641824|gb|CB646831.1|CB646831
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29687455|gb|CB683730.1|CB683730
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29672090|gb|CB668365.1|CB668365
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29661434|gb|CB657709.1|CB657709
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29645158|gb|CB650165.1|CB650165
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29641133|gb|CB646140.1|CB646140
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29679002|gb|CB675277.1|CB675277
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29619411|gb|CB624423.1|CB624423
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGATTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29667711|gb|CB663986.1|CB663986
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29615586|gb|CB620598.1|CB620598
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29637162|gb|CB642171.1|CB642171
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29624060|gb|CB629071.1|CB629071
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29682583|gb|CB678858.1|CB678858
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29619315|gb|CB624327.1|CB624327
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|58612032|gb|CK039744.1|CK039744
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29643724|gb|CB648731.1|CB648731
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29655802|gb|CB652077.1|CB652077
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29637541|gb|CB642550.1|CB642550
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29681299|gb|CB677574.1|CB677574
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29688148|gb|CB684423.1|CB684423
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
EST: gi|29660273|gb|CB656548.1|CB656548
EST:     CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG                         GTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA
genomic: CTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAGgtattcagag ... taacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagtagctaccagtcttcaggcttgatgtaatgtgttccatatgataacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAAGTTCCTGATGCATTGAAG
                                          tgataac  putative branch site (score: 2)
                                       atatgataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtattcagagtgctgggaattatctaaaaaaaaaatgtttatcacttgtcatgcatttagatttttagtgattctgttgaagataatccatgtgcattttcatattgcttggatcaatagtgttaagctcttaagtagctaccagtcttcaggcttgatgtaatgtgttccatatgataacttgcagGTCTACAAGTCTCGTGATGTTGGTGTTAACAGTTTTGTGCTGTTTCCAAAAGTTCCTGATGCATTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG