1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tgctcacctttgattgatctattgagagaacatgtatttttccatgctaaaggacacttttgttgatttatcttcttgctcgtatgataattgataacagGGGTTTGCCTTAATATGCCATGGTCTACTCGAATGAAGATTGCTCTAGGTGCTGCAAGGGGGCTGGAATATCTTCACGGAGCTGAGAGATCAATTATATA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g45280.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTTACGAGTACATGGCTTGCGGCAGCCTTGAAAAGCATCTTTTTCGCC GGGTTTGCCTTAATATGCCATGGTCTACTCGAATGAA
genomic: TGTTTACGAGTACATGGCTTGCGGCAGCCTTGAAAAGCATCTTTTTCGCCgtaagctgac ... ttgataacagGGGTTTGCCTTAATATGCCATGGTCTACTCGAATGAA
gctaaaggacacttttgttgatttatcttcttgctcgtatgataattgataacagGGGTTTGCCTTAATATGCCATGGTCTACTCGAATGAAGATTGCTCTAGGTGCTGCAAGGGGGCTGGAATATCTTCACGGAGCTGAGAGATCAATTATATA
tatgataattgataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgctcacctttgattgatctattgagagaacatgtatttttccatgctaaaggacacttttgttgatttatcttcttgctcgtatgataattgataacagGGGTTTGCCTTAATATGCCATGGTCTACTCGAATGAAGATTGCTCTAGGTGCTGCAAGGGGGCTGGAATATCTTCACGGAGCTGAGAGATCAATTATATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
tgctcac
- - - - -ttgattg
- - - - - - - - - - - - - - - catgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tccatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaggaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgttga