1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ctgttgcagcagtaaccgttgtgttaatatcttatttgtgtgaatgtagatcatttatctccctgctatgtattttacaattctgttttctttgcttcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGATCCGCTCTTGGATGCCTTGTGCGACCACCTAAAGCCTGTTCTATATACAGAAGGCAGCTGCATAATTCGTGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g33610.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGAAGGGCTATTATAAAACGGCATCTTTGCTTATCACTTCTTATGAGG GTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGATCCGCTCTTGGATGCCTTGTGCGAC
genomic: TTAGAAGGGCTAT-A-AAA-CGGCATCTTTGCTTATCACTTCTTATGAGGgtatgttctc ... tttgcttcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGATCCGCTCTTGGATGCCTTGTGCGAC
gtagatcatttatctccctgctatgtattttacaattctgttttctttgcttcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGATCCGCTCTTGGATGCCTTGTGCGACCACCTAAAGCCTGTTCTATATACAGAAGGCAGCTGCATAATTCGTGAAG
ttctgttttctttgct CT-rich tract
tatgtattttacaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgttgcagcagtaaccgttgtgttaatatcttatttgtgtgaatgtagatcatttatctccctgctatgtattttacaattctgttttctttgcttcagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGATCCGCTCTTGGATGCCTTGTGCGACCACCTAAAGCCTGTTCTATATACAGAAGGCAGCTGCATAATTCGTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
ctgttgc
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtat
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