1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tgtctgtttcttctatgactttgcagtcttaatagtgcactaagttatgcgcctttgatttctcagtcaagcttgtaagcatggtcaattttgttaccagGTGGTTATTTTGGTTGTGCTACCTAATCTTGGAGGCTCAGAGGTTACAAAAGCCAAAAATATCTTGATGTTTATAGTTATATGCCAATATGTGCCTCGGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g33570.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTCAACATATTTTCTGATCGATGTCTTTGCTGTTCTACCCCTCCCTCAG GTGGTTATTTTGGTTGTGCTACCTAATCTTGGAGGCTCAGAGGTTACAAAAEST: gi|87009814|gb|CI310917.1|CI310917
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tatgcgcctttgatttctcagtcaagcttgtaagcatggtcaattttgttaccagGTGGTTATTTTGGTTGTGCTACCTAATCTTGGAGGCTCAGAGGTTACAAAAGCCAAAAATATCTTGATGTTTATAGTTATATGCCAATATGTGCCTCGGC
ctttgat putative branch site (score: 13)
ttttgtt putative PPT
aattttgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtctgtttcttctatgactttgcagtcttaatagtgcactaagttatgcgcctttgatttctcagtcaagcttgtaagcatggtcaattttgttaccagGTGGTTATTTTGGTTGTGCTACCTAATCTTGGAGGCTCAGAGGTTACAAAAGCCAAAAATATCTTGATGTTTATAGTTATATGCCAATATGTGCCTCGGC
- - tgtttct
- - - - - - - - - ctttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagcatg