Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatagttctgggtattatgtcctgtttgtgattcttttttgttttaacattaactgagtatgtgttacatttatttacagaaaattgtaatgtcatgtagGTGCTCGTTATTGTTCTGTAGTGGGTGATTTTAATCAGTGGTCAACTACTGAAAATTGTGCACGCGAAGGTCATTTGGGACATGATGATTTTGGATATTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g26234.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29629381|gb|CB634390.1|CB634390
EST:     CATGCATCGACATCGGCAGCACCGTGTGGATTTCATGGAGTGGGCACCAG                         GTGCTCGTTATTGTTCTGTAGTGGGTGATTTTAATCAGTGGTCAACTACTG
genomic: CATGCATCGACATCGGCAGCACCGTGTGGATTTCATGGAGTGGGCACCAGgtatagatta ... tgtcatgtagGTGCTCGTTATTGTTCTGTAGTGGGTGATTTTAATCAGTGGTCAACTACTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacattaactgagtatgtgttacatttatttacagaaaattgtaatgtcatgtagGTGCTCGTTATTGTTCTGTAGTGGGTGATTTTAATCAGTGGTCAACTACTGAAAATTGTGCACGCGAAGGTCATTTGGGACATGATGATTTTGGATATTG
  cattaac  putative branch site (score: 2)
 ttacatttatttacag  TA-rich tract