1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagtatgtgtatatacactataatgatattgtcaagtgcaatgcttagataccagagagcatatacgttagttttcaattggttcttaggatgtatatttgtttgatgtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATGCCAGCTGCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g24070.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACCGCCGCCGCCGTCGGACCCTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGG GGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATGEST: gi|86851181|gb|CI312582.1|CI312582
genomic: CACCGCCGCCGCCGTCGGACCCTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGGgtaagtatgt ... gtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATG
EST: CGCCGCCGCCGTGGGNACCCCCGCTTTTTTGGCACCACCNTTACATGAGG GGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAAGGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCCEST: gi|29646518|gb|CB651525.1|CB651525
genomic: CGCCGCCGCCGTCGG-A-CCCTGC-TTTCTGGCACCACCCTTACATGAGGgtaagtatgt ... gtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTC-AA-GGGACACCTTGCATGGCGATG-CCC
EST: CACCGCCGCCGCCGTCGGACCCTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGG GGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATGEST: gi|29677764|gb|CB674039.1|CB674039
genomic: CACCGCCGCCGCCGTCGGACCCTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGGgtaagtatgt ... gtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATG
EST: CACCGCCGCCGCCGTCGGACCCTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGG GGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATGEST: gi|87015668|gb|CI277626.1|CI277626
genomic: CACCGCCGCCGCCGTCGGACCCTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGGgtaagtatgt ... gtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATG
EST: CACCGCCGCCGCCGTCGGANCCTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGG GGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATGEST: gi|38474383|gb|CF958515.1|CF958515
genomic: CACCGCCGCCGCCGTCGGACCCTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGGgtaagtatgt ... gtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATG
EST: CTGGCACCACCCTTACATGAGG GGGCCAGCACATGTGCCAACTCAATGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATGEST: gi|22306077|gb|BQ907299.1|BQ907299
genomic: CTGGCACCACCCTTACATGAGGgtaagtatgt ... gtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATG
EST: CTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGA-G GGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCAT-GCGATGCCCATG
genomic: CTGCTTTCTGGCACCACCCTTACATGAGGgtaagtatgt ... gtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATG
atacgttagttttcaattggttcttaggatgtatatttgtttgatgtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATGCCAGCTGCG
gtttgat putative branch site (score: 4)
tgtttct CT-rich tract
atgtatatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtatgtgtatatacactataatgatattgtcaagtgcaatgcttagataccagagagcatatacgttagttttcaattggttcttaggatgtatatttgtttgatgtttctgtagGGGCCAGCACATGTGCCAACTCAAGGGACACCTTGCATGGCGATGCCCATGCCAGCTGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC