Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcacaacttattaaattcttattgatttctgttgagattgttggctaggagaaatctgactagttttaccttcagGAAAATTCCAATGTGGGGAAGAACAGCTCTTCAATTAATGACAATAATGGAGATGTTCATGAGAAAGGGAATGGTGGAGCTTATGAAAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g06014.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38478126|gb|CF962259.1|CF962259
EST:     TTGAGACTGGAAAAAATGACGGATCTTTGACTGATGTGGATGCGATGAAG                         GAAAATTCCAATGTGGGGAAGAACAGCTCTTCAATTAATGACAATAATGGA
genomic: TTGAGACTGGAAAAAATGACGGATCTTTGAGTGATGTGGATGCGATGAAGgtgcacaact ... ttaccttcagGAAAATTCCAATGTGGGGAAGAACAGCTCTTCAATTAATGACAATAATGGA
EST: gi|86499028|gb|CI141661.1|CI141661
EST:     TTGAGACTGGAAAAAATGACGGATCTTTGAGTGATGTGGATGCGATGAAG                         GAAAATTCCAATGTGGGGAAGAACAGCTCTTCAATTAATGACAATAATGGA
genomic: TTGAGACTGGAAAAAATGACGGATCTTTGAGTGATGTGGATGCGATGAAGgtgcacaact ... ttaccttcagGAAAATTCCAATGTGGGGAAGAACAGCTCTTCAATTAATGACAATAATGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgatttctgttgagattgttggctaggagaaatctgactagttttaccttcagGAAAATTCCAATGTGGGGAAGAACAGCTCTTCAATTAATGACAATAATGGAGATGTTCATGAGAAAGGGAATGGTGGAGCTTATGAAAAG
                                 atctgac  putative branch site (score: 3)
                                           ttttaccttc  putative PPT
                                        tagtttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcacaacttattaaattcttattgatttctgttgagattgttggctaggagaaatctgactagttttaccttcagGAAAATTCCAATGTGGGGAAGAACAGCTCTTCAATTAATGACAATAATGGAGATGTTCATGAGAAAGGGAATGGTGGAGCTTATGAAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT