Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaattcatccacactgaacttctaggtttcatttattaatttctgttgatgctagcacatgtctttgctgttcatgatgaacattccatctgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTATGTACTGTTCCGAGAGTATGAGATAATTACAACGATGAGATTGCGGTTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g51630.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g51630.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G456000_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
---------------aaattcatccacactgaacttctaggtttcatttattaatttct----gttgatgct---------agcacatgtctttgctgttcatgatgaacattccatctgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTATGTACTGTTCCGAGAGTATGAGATAATTACAACGATGAGATTGCGGTTT
                |||  | |       ||||      |  || ||  || |||      ||  |  |          || |   |   | ||     ||     ||  ||||| | || | ||||||| |  |||||||||  |||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||    |||||||| || ||| | |  |||||  |||| |||
gtgtgcaacagatcataatctaactgtttccaactctgtaatcacactttctacttttctagggtctacaccttgcttaaaaggaagaggtgtggccacatatttaatactctccatgttttgttcagGTTTATAGCTCACTTGGGCATGGCTTATGCCATCACATTTTGGACCTGTTATGTACTGTTGAAGGAGTATGAAATTATTTCTAACATGAGGCTGCGCTTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29660843|gb|CB657118.1|CB657118
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: gi|5607371|gb|AU076043.1|AU076043
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: gi|33675058|gb|CF303297.1|CF303297
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCT
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagG-TTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCT
EST: gi|29683379|gb|CB679654.1|CB679654
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: gi|29666785|gb|CB663060.1|CB663060
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: gi|58693629|gb|CK082316.1|CK082316
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatgctagcacatgtctttgctgttcatgatgaacattccatctgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTATGTACTGTTCCGAGAGTATGAGATAATTACAACGATGAGATTGCGGTTT
 tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                      ttccatct  putative PPT
                                             tgtttta  TA-rich tract