Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgataggttattcatccaacttcctacatgtacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g36070.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g36070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G08510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgataggttattcatccaacttcctacatg-tacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
||||| | |   | ||  ||| |  ||| | |              || | |  ||| |||||     |    | ||| |  || ||  ||  | |   || || | |  ||     || |  |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||| | ||||| |||||| | || ||||||||||| || || || ||||
gtaagtagtgatcctg--cttatcctattctt--------------tgcgctgtgtttttcat--ggttcaagatatgatttctgtgaatcgtattg--ttgatatgttgctaacgattttgcagGAGACAATGTCCAATGAACATGCCATGCGTTTTCCCTTTGTTGGGAGTGCAATGTTATTGTCACTCTTCTTACTCTTCAAGTTTCTATCCAAGGACTTGG

upper sequence: LOC_Os05g36070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G08620.3 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgataggttattcatccaacttcctacatgtacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
||||| | |     |   ||| |  ||| | |              |||  |  ||| ||| |          | |||     |  |    |  |   || || | |  ||  |  || |  |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||| | ||||| || ||| | || ||||||||| | || || || ||||
gtaagtagtgattctctgcttatcctattctt--------------tgtattgtgtttttcgt--ggtccaagatatgatttccgtgaatcgtgttg-ttgatgtgttgctaatggttttgcagGAGACAATGTCCAATGAACATGCCATGCGTTTTCCCTTTGTTGGGAGTGCAATGTTATTGTCACTTTTCTTACTCTTCAAGTTTTTATCTAAGGACTTGG

upper sequence: LOC_Os05g36070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G03120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgat-aggttattcatccaacttcct-acatgtacctctggctctgaa-taacttaatt-tttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
                                  |   | ||   | |  || || || ||  |     ||  | | |      ||    |  ||  ||| ||  || ||||  ||    |  | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| || |||||||||||| | || || ||| |  | ||||||||||||||||| || ||||
----------------------------------gtaagacaaagacgcaatcagattgtttttttttattagtgaaacaattttccaaattcgatctaaattgtttctttggtttgaaatggtgtagGAGACGATGTCAAAAGAACATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCACTTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCAAAGGACTTGG

upper sequence: LOC_Os05g36070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaagcaatatgcttgaacttgttttatccatctgctgggcactaatgtgataggttattcatccaacttcctacatgtacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttctt-atatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
                     ||   | | ||  ||   |  |     |      || |  || | |  |  | ||||   ||      |    |  |  ||||||    | ||  || ||  ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || || || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
---------------------gtaagaacaattagccaagttcctgcctttcttatt-tctatgccatatttttcatgattctggaaagcc---tgtccgaattttgatatgttcattcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCAATGCTGTTATCACTATTCCTTCTCTTCAAGTTTCTATCAAAAGACTTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58679783|gb|CK068470.1|CK068470
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|88430529|gb|CI569552.1|CI569552
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAACCCAACTC-ACC-GCT                         GAGACA-TGTC-AA-GAA-ATGCTAT-CGGTTTC
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTC
EST: gi|29625862|gb|CB630873.1|CB630873
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|29623040|gb|CB628051.1|CB628051
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58656513|gb|CK045193.1|CK045193
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|29623038|gb|CB628049.1|CB628049
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|319908628|gb|HS977756.1|HS977756
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTCCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58662178|gb|CK050858.1|CK050858
EST:     TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCT                         GAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 60 (downstream exon)
Score: 15

ACTTGTGGTTAAAGTAAACCCCAATGCGAATGTTATACTGACAGCATGCCTTGCCGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTTAAGCCAACTCCACCCGCTgtaagcaata ... tcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctacatgtacctctggctctgaataacttaatttttgcctttttcttatatagGAGACAATGTCCAAAGAACATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTTTGTCCCTCTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGATTTGG
                            cttaatttttgccttt  CT-rich tract
                     tgaataacttaatttt  TA-rich tract