1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtactgttcacaaaacaagcacaagtgatattatgctgatccttttgtgtccatttagtgttgcctgggaacacaataagtttttgttcactgaattatctatctacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTGTTTTCCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g04340.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|29628929|gb|CB633940.1|CB633940
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATATTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|88298568|gb|CI563563.1|CI563563
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCCGTGTCGTANGTCATGGATCCTTTGGAACEST: gi|86883938|gb|CI309910.1|CI309910
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGC-GTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAAC
EST: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGEST: gi|86901784|gb|CI310546.1|CI310546
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATG
EST: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCEST: gi|58601571|gb|CK012099.1|CK012099
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCC
EST: GTCATATTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|58663289|gb|CK051975.1|CK051975
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATATTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|33658344|gb|CF280957.1|CF280957
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|29630931|gb|CB635940.1|CB635940
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATATTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|58603162|gb|CK013690.1|CK013690
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATATTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|29626488|gb|CB631499.1|CB631499
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATATTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTATACAG ACCATTATCTACATGGGCC-AGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACEST: gi|29629558|gb|CB634567.1|CB634567
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGG-CCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAAC
EST: GTCATATTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|25798115|gb|CA754076.1|CA754076
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|58598716|gb|CK009244.1|CK009244
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATATTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTEST: gi|88395838|gb|CI593040.1|CI593040
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACT
EST: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAG ACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAA
genomic: GTCATGTTATTGTGACAAGCATTGATGGAAGAAATGGACAGGCTAAACAGgtactgttca ... tacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAA
gttgcctgggaacacaataagtttttgttcactgaattatctatctacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTGTTTTCCAG
tctatct CT-rich tract
aataagtttttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactgttcacaaaacaagcacaagtgatattatgctgatccttttgtgtccatttagtgttgcctgggaacacaataagtttttgttcactgaattatctatctacattgcagACCATTAGCTACATGGCCGAGCGTGTCGTAGGTCATGGATCCTTTGGAACTGTTTTCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA