Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcttcacaacatgcatctgtggaggtgtatacatgtttgcacactctggtcaacatgtttgcagcatttgttctaacagtctgctcaattgatttttcagTTTTTCCAATCAACACATGCAATCCTTAGAAAGCTAGCTCTGGGCTGTATTAATCAGTACATCGTGGTCATGCCAGCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29627775|gb|CB632786.1|CB632786
EST:     CTGGTTTGCCTGAACGGCCAATCAATGTATTCATGCCAAGATTACTGCAG                         TTTTTCCAATCAACACATGCAATCCTTAGAAAGCTAGCTCTGGGCTGTATT
genomic: CTGGTTTGCCTGAACGGCCAATCAATGTATTCATGCCAAGATTACTGCAGgtttgtgtta ... gatttttcagTTTTTCCAATCAACACATGCAATCCTTAGAAAGCTAGCTCTGGGCTGTATT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctggtcaacatgtttgcagcatttgttctaacagtctgctcaattgatttttcagTTTTTCCAATCAACACATGCAATCCTTAGAAAGCTAGCTCTGGGCTGTATTAATCAGTACATCGTGGTCATGCCAGCA
                                               tttttc  CT-rich tract
                                         aattgattttt  TA-rich tract