Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtatgaagcagatttctcatggatagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattatttgtacttacagGGCTTGGTTAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTATTTATGTGCGTCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGAGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTAC
Basic information
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g57140.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G423861_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatgaagcagatttctcatggatagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattattt---gtacttacagGGCTTGGTTAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTATTTATGTGCGTCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGAGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTAC
||| | ||||||||||| || || ||| | ||| ||| || |||| ||| ||| ||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
--gtgagttgggcttctcatggatggccatcatatgtg-tacg-tcattgtaggaatcatatattttattgtatgtgcagGGGTTGGTCAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTACCTGTGTGCATCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGGGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTTT
upper sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G070273_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgaagcagatttctcatggatagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattat-ttgtacttacagGGCTTGGTTAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTATTTATGTGCGTCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGAGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTAC
||| ||||||||||| |||| ||| | || | |||| || |||| |||| | |||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
--gtgagttgagcttctcatggatggcaagcatatgtg-tata-ccattgtaggaattatattttattgtacctgcagGGGTTGGTCAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTACCTGTGTGCATCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGGGCATACTTGTCTGAGTATATTCACTTT
upper sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA01G35950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
----------------------------------------gtatgaagcagatttctcatggatagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattatttgtactta-----cagGGCTTGGTTAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTATTTATGTGCGTCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGAGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTAC
|| | || | | ||| | || | | | || ||| | || | ||| || ||||| | || || | ||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| | || || ||||||||| |
gtatctaagtttcttcagtagtgtgtcacgcttcatgttttcttggactttgttcattgaaactgaatatttgctgtggt-ttgcatgctagtgattaatactgttttggtctaaaaagcagGGAATACTTGATTAAAGCATGGGAACTAATGTATTTATGTGCTTCATCCATGCCTCCTAGCAAAGACATTGGAGCATATCTATCAGAATATGTTCACAAT
upper sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G09480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
--------------------------------------gtatgaagcagatttctcatgga--tagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattatttgtactta-----cagGGCTTGGTTAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTATTTATGTGCGTCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGAGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTAC
|| | ||| | || | | ||| | || | | | || ||| | || | ||| | ||||| | || || | ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || | || ||||||||||| |
gtatctaagtttcttcagtagtgtgtgtcacacttcatgttttcttggactttgtattgaagctgaatatttgctgtggt-ttgcatgctagtgattaatactgttttggtctgaaaagcagGGAATACTTGATTAAAGCATGGGAGCTAATGTATTTATGTGCTTCATCCATGCCTCCTAGCAAAGACATTGGAGCTTATCTATCAGAGTATGTTCATAAT
upper sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0044g02020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----------------------------------------------------gtatgaagcagatttctcatggatag--caattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattatttgtacttacagGGCTTGGTTAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTATTTATGTGCGTCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGAGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTAC
| | ||| || || | | || || | || ||| || | || | | || | ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| | ||| || || |||||||| ||| |
gtatgcacattccttttctagtatgatgtttgattttcatgacccattccatctgcacttctaattgctggtgcaaggactaaccttatttc-tttaatcatgctacctttattgct-tctgaaaacacagGCAACTTTTAATCAGAGCATGGGAGCTAATGTATTTATGTGCTTCCTCCATGCCTCCTAGCAAGGACATTGGTGGATATTTATCAGAGTATGTCCACAAT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.atagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattatttgtacttacagGGCTTGGTTAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTATTTATGTGCGTCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGAGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTAC
atcttatgaatgttat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtatgaagcagatttctcatggatagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattatttgtacttacagGGCTTGGTTAATAAGAGCTTGGGAGCTTATGTATTTATGTGCGTCATCCATGCCACCAAGCAAAGATATTGGAGCATACTTGTCTGAGTATGTTCACTAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA