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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgcattcttgttatcttaataatcgtactgtagtgatatttgtcgtatactgaacttatcatctctgcagCTCTTGTTTGGAATTCTCATGGTGGTTTATCTGCCTAGCTTGGATTCCTATCCGGGTTATACTCCAGTCAGGCATGAGGCACTTGTTGATAATACTGATT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g52900.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g52900.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G084181_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
---------------gtttgcattcttgttatc--ttaataatcgtactgtagtgatatttgt----------cgtatactgaacttatcatctctgcagCTCTTGTTTGGAATTCTCATGGTGGTTTATCTGCCTAGCTTGGATTCCTATCCGGGTTATACTCCAGTCAGGCATGAGGCACTTGTTGATAATACTGATT
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ttgcacataaggtctgattgcatattagttgttgactgtgtcctataccatatttttattagtactcagtactctcatacttaacctttcttttctacagTTCTTGTTTGGAATTCTCATGGTGGTTTATCTGCCTAGCTTGGATCCATATCCGGGTTATACCCCGATCAGGAATGAAGTGTTGGTTGATAATACTGATT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaataatcgtactgtagtgatatttgtcgtatactgaacttatcatctctgcagCTCTTGTTTGGAATTCTCATGGTGGTTTATCTGCCTAGCTTGGATTCCTATCCGGGTTATACTCCAGTCAGGCATGAGGCACTTGTTGATAATACTGATT
 tcttaat  putative branch site (score: 3)
                                           tcatctct  putative PPT
                  tgatattt  TA-rich tract