1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gcctattgcaagtttgcatcatataacaatagcaatgaacttacgacgtctgccctgccaatttgaaggctaataatatatgttacttatattgtttcagGCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACTTTGGAGAGCATCTCTCGGAAAGGGAAGACTTCTTCAGCTGTTGCTTCAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g01280.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAAAATAGTATCACCAGCTATGTTCACCAAAGTGCTAACTCCTTTGACAG GCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACTEST: gi|88974058|gb|CI002720.1|CI002720
genomic: TAAAATAGTATCACCAGCTATGTTCACCAAAGTGCTAACTCCTTTGACAGgtttgttctt ... attgtttcagGCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACT
EST: TAAAATAGTATCACCAGCTATGTTCACCAAAGTGCTAACTCCTTTGACAG GCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACTEST: gi|88447279|gb|CI533920.1|CI533920
genomic: TAAAATAGTATCACCAGCTATGTTCACCAAAGTGCTAACTCCTTTGACAGgtttgttctt ... attgtttcagGCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACT
EST: TAAAATAGTATCACCAGCTATGTTCACCAAAGTGCTAACTCCTTTGACAG GCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACT
genomic: TAAAATAGTATCACCAGCTATGTTCACCAAAGTGCTAACTCCTTTGACAGgtttgttctt ... attgtttcagGCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACT
acgtctgccctgccaatttgaaggctaataatatatgttacttatattgtttcagGCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACTTTGGAGAGCATCTCTCGGAAAGGGAAGACTTCTTCAGCTGTTGCTTCAT
ggctaat putative branch site (score: 6)
ttgtttc putative PPT
taataatatatgttac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcctattgcaagtttgcatcatataacaatagcaatgaacttacgacgtctgccctgccaatttgaaggctaataatatatgttacttatattgtttcagGCATATACTGTAGAAATTAGGCCTTGGCAAGTGTGCAGAGACATTTATACTTTGGAGAGCATCTCTCGGAAAGGGAAGACTTCTTCAGCTGTTGCTTCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - -ttgcaag
- - - - - - - tgcatca
- - - - - - - - - - - - aacaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaaggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttact