Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtctcataacttgataatttgaccacttcattatctttgcaagctactacattattcccaagagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttttgttatccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g57790.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g57790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G120674_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgtctcataacttgataatttgaccacttcattatctttgcaagctactacattattcccaagagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttt-tgttatccgtt-cagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG
                     | ||  | ||| |  || ||   |||  |||| ||||| | || |  |||||     |||| | ||  ||||  | | ||||  |   ||   || |||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||
--------------------gtatgttctctttag-atgtt---aaggaactaaattatcctcatgt-attga-cacctgaatagatttacaataagtggtttaataccatttttttcagTCTATGCGGATGGAAGCATCTGTTTGGACATCCTACAAAACCAGTGGAGCCCTATATATGATGTTGCGGCAATATTGACCTCTATTCAG

upper sequence: LOC_Os03g57790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G007260_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatgtctcataacttgataatttgaccacttcattatctttgcaagctactacattattcccaa---gagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttttgttatccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG
                     | ||  | ||| |  || ||   |||  |||| ||||||| ||    |  |    | ||        |||      | | |     |  | |   | |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||
--------------------gtatgttctctttag-atgtt---aaggaactaaattattctcatattggcacctgagtacattgacaataagtggtttaataccaattctttttttccagTTTATGCGGATGGAAGCATCTGTTTGGACATCCTACAAAACCAGTGGAGTCCTATATACGATGTTGCGGCAATATTGACCTCTATTCAG

upper sequence: LOC_Os03g57790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ17802 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatgtctcataacttgataatttgaccacttcattatctttgcaagctactacattattcccaagagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttttgttatccgtt--cagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG
                                                                     |    || ||     | ||     ||  || | ||  | |||  ||  |||||||||| ||||||||||| ||| | || || || |||||||||||||| || || || |||||||| || ||  | || || || |||
----------------------------------------------------------------gtgagtccctttcttctttctttaattttctttttttcttactcatctttttgcagTTTATGCTGATGGAAGTATTTGCCTCGACATACTGCAAAATCAATGGAGTCCGATCTACGATGTTGCGGCAATTCTTACGTCCATACAG

upper sequence: LOC_Os03g57790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ21576 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatgtctcataacttgataatttgaccacttcattatctttgcaagctactacattattcccaagagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttttgttatccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG
                                                                  |  ||   |||||     | |      |||  |   ||       |   |||||||||| |||||||| || ||  | || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||| |||| || ||||||
----------------------------------------------------------------gtaagttcgtttattcgtagtgt------ctatcttccttacgcgctctcgcagTTTATGCCGATGGAAGCATTTGTCTCGACATCCTCCAAAATCAGTGGAGCCCGATCTATGATGTTGCCGCAATACTGACATCGATCCAG

upper sequence: LOC_Os03g57790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ23951 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatgtctcataacttgataatttgaccacttcattatctttgcaagctactacattattcccaagagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttttgttatccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG
                                                                  |  ||   |||||     | |      |||  |   ||       |   |||||||||| |||||||| || ||  | || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||| |||| || ||||||
----------------------------------------------------------------gtaagttcgtttattcgtagtgt------ctatcttccttacgcgctctcgcagTTTATGCCGATGGAAGCATTTGTCTCGACATCCTCCAAAATCAGTGGAGCCCGATTTATGATGTTGCCGCAATACTGACATCGATCCAG

upper sequence: LOC_Os03g57790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ16328 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatgtctcataacttgataatttgaccacttcattatctttgcaagctactacattattcccaagagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttttgttatccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG
                                                       | | ||||  |    |   || ||  || |     |  ||  || ||  |  | ||    |||||||||| ||||||||||| ||| | || || || |||||||||||||| || || || |||||||| || ||  | || || || |||
------------------------------------------------------gtgagtcccttg---cttctttctttgagttt----cttctttttcttactcatctcttcgcagTTTATGCTGATGGAAGTATTTGCCTCGACATTCTGCAAAATCAATGGAGTCCGATCTACGATGTTGCGGCAATTCTTACGTCCATACAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218479910|gb|FG956825.1|FG956825
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|33797775|gb|CF324747.1|CF324747
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38479547|gb|CF963650.1|CF963650
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCGGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|5038571|gb|AU070681.1|AU070681
EST:     GTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATNTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: GTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|86257938|gb|CI064291.1|CI064291
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTATAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|4716198|gb|AU057314.1|AU057314
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|313080727|gb|HO213524.1|HO213524
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|86508354|gb|CI150987.1|CI150987
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|86603007|gb|CI357371.1|CI357371
EST:     AAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: AAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|11025772|gb|AU162373.1|AU162373
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|87030448|gb|CI252725.1|CI252725
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCC--A-A                         ---AT--A-ATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|27576870|gb|CA999564.1|CA999564
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38474625|gb|CF958758.1|CF958758
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATAGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|58688873|gb|CK077560.1|CK077560
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|27576883|gb|CA999577.1|CA999577
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|218500669|gb|FG957555.1|FG957555
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|27576871|gb|CA999565.1|CA999565
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|27577979|gb|CB000674.1|CB000674
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|3761950|gb|C99198.1|C99198
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|86532121|gb|CI172327.1|CI172327
EST:     TCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: TCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|426691|gb|D22760.1|D22760
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|88220568|gb|CI220128.1|CI220128
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|8251184|gb|AU091335.1|AU091335
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|58594054|gb|CF992362.1|CF992362
EST:     AACAAACCAGCGAG-TG-TCGG-TTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: AACAAACCA-CCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|33795388|gb|CF323564.1|CF323564
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|15008914|gb|AU223302.1|AU223302
EST:     TTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: TTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|58590675|gb|CF988983.1|CF988983
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTGTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38470097|gb|CF954228.1|CF954228
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|86889534|gb|CI318725.1|CI318725
EST:     AACAAACCACCAGTTGTTCGGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGAAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: AACAAACCACCAGTTGTTCGG-TTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|55411803|gb|CV724179.1|CV724179
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|58677295|gb|CK065982.1|CK065982
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38475004|gb|CF959137.1|CF959137
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTAGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38476828|gb|CF960961.1|CF960961
EST:     ACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: ACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38481351|gb|CF965440.1|CF965440
EST:     TTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: TTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|55409133|gb|CV721509.1|CV721509
EST:     AACATTACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: AACA-AACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|2280796|gb|C25291.1|C25291
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|58670025|gb|CK058711.1|CK058711
EST:     CAAACCACCAGTTGTTCGG-TTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|3768193|gb|AU032220.1|AU032220
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|86419732|gb|CI054533.1|CI054533
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|425985|gb|D22670.1|D22670
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCANCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAANTCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|218485740|gb|FG958740.1|FG958740
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38482332|gb|CF966375.1|CF966375
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38480664|gb|CF964753.1|CF964753
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|87011706|gb|CI281408.1|CI281408
EST:     CAACGAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|8336757|gb|BE041059.1|BE041059
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|86489541|gb|CI132174.1|CI132174
EST:     CAACAAACCACGAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38469192|gb|CF953323.1|CF953323
EST:     GAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: -AACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38468296|gb|CF952427.1|CF952427
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38469613|gb|CF953744.1|CF953744
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCC--A-A                         ---AT--A-ATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38468844|gb|CF952975.1|CF952975
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTGCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|117237213|gb|CT861798.1|CT861798
EST:     TTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: TTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|38476763|gb|CF960896.1|CF960896
EST:     CAACAAACCA-CAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCGTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATC-TGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGC
EST: gi|38481856|gb|CF965925.1|CF965925
EST:     AACAAACCACCGGTGTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: AACAAACCACCAGT-TGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|218505167|gb|FG956727.1|FG956727
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|42592241|gb|CK738727.1|CK738727
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|29666285|gb|CB662560.1|CB662560
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|58602270|gb|CK012798.1|CK012798
EST:     TCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: TCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
EST: gi|58585769|gb|CF984077.1|CF984077
EST:     CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATA                         TTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC
genomic: CAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 62 (downstream exon)
Score: 212

GCACGTTCAAGCTGACACTACAATTTACAGAAGATTATCCCAACAAACCACCAGTTGTTCGGTTTGTCTCAAGGATGTTTCACCCAAATAgtatgtctca ... atccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttttgttatccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG
                            aactaat  putative branch site (score: 212)
                                              tccgttc  putative PPT
         aattattgaagatata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtctcataacttgataatttgaccacttcattatctttgcaagctactacattattcccaagagattgaattattgaagatatacacaactaattgtttttgttatccgttcagTTTATGCAGATGGAAGTATCTGCTTGGATATCCTACAAAATCAATGGAGCCCTATATATGATGTTGCTGCGATATTGACCTCTATCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC