Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtgcttgaaagaacatttgtgtgtaccactgcattgctttctagttgtattatcccatggagctaatgtgagtctgatcaaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTCTGTGTCTCCAACTGCTGACCAAAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g29260.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88402149|gb|CI614992.1|CI614992
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|58682390|gb|CK071077.1|CK071077
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|3768112|gb|AU032139.1|AU032139
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88402165|gb|CI615008.1|CI615008
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCACCTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88339571|gb|CI641280.1|CI641280
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88353429|gb|CI631614.1|CI631614
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGCGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88363300|gb|CI643158.1|CI643158
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|25799116|gb|CA755077.1|CA755077
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAAAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|58600756|gb|CK011284.1|CK011284
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGG
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGG
EST: gi|88347074|gb|CI631154.1|CI631154
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88573347|gb|CI664918.1|CI664918
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|427633|gb|D23766.1|D23766
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88395078|gb|CI609394.1|CI609394
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88584537|gb|CI702099.1|CI702099
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88325561|gb|CI675368.1|CI675368
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|86847825|gb|CI288864.1|CI288864
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGG
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGG
EST: gi|88347568|gb|CI630524.1|CI630524
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88354486|gb|CI628857.1|CI628857
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88358923|gb|CI619427.1|CI619427
EST:     GTCAATGTCAAAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAATTGGTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|218480642|gb|FG944950.1|FG944950
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|89167249|gb|CI252780.1|CI252780
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|55432415|gb|CV729228.1|CV729228
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88383970|gb|CI631860.1|CI631860
EST:     GTCAATGTCANAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
EST: gi|88587802|gb|CI705577.1|CI705577
EST:     GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAG                         TGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC
genomic: GTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 76

ATGACATGACTGTTTTCACCTCACTTCCTTCTGCTCCCGCAGCAAGCTATGTCAATGTCACAAGGTGGTATGATCACATCAGTGCTCTCCTAAGATCCAGgtgcgtgctt ... aaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTCTGTGTCTCCAACTGCTGACCAAAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctttctagttgtattatcccatggagctaatgtgagtctgatcaaccttgcagTGGAGTTACCGCAGAGGGTGAAGGTGTGAAGGTTGAGTCAACTGCTTGTTCTGTGTCTCCAACTGCTGACCAAAAG
          ttgtattat  TA-rich tract