1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atgttagacctcagagttttaataccttggtctacttgtgaagagccaacatcaccaatcatgcataaaagtaatctttactcatgcctaattttttcagATAGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTTCCTAAAGGACTTTTCCAACAGCGTACTGTTTTAGCGCAACTTCAATTGAAAGACTGGAAGATGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g17920.3 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCCCTTCGCACCACATTTACTTGATGTGCTTTATGAGGATGATGACATG ATAGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTTCCTAAAGGACTTTTC
genomic: AGCCCTTCGCACCACATTTACTTGATGTGCTTTATGAGGATGATGACATGgtatgtaaaa ... attttttcagATAGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTTCCTAAAGGACTTTTC
ccaacatcaccaatcatgcataaaagtaatctttactcatgcctaattttttcagATAGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTTCCTAAAGGACTTTTCCAACAGCGTACTGTTTTAGCGCAACTTCAATTGAAAGACTGGAAGATGC
gcctaat putative branch site (score: 3)
ttttttc CT-rich tract
ataaaagtaatcttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgttagacctcagagttttaataccttggtctacttgtgaagagccaacatcaccaatcatgcataaaagtaatctttactcatgcctaattttttcagATAGCCCTTAATAAGCCTTCTGGCTTGCAAGTTCTTCCTAAAGGACTTTTCCAACAGCGTACTGTTTTAGCGCAACTTCAATTGAAAGACTGGAAGATGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - -ctacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaagtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgccta