Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agccccccctcttgcatcatgcgttgtgcgatcttttaaatttttaacatttctatggatgtctgccttcatctttacatgccgtttgttatttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g14450.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88426468|gb|CI576710.1|CI576710
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88301205|gb|CI594731.1|CI594731
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|58661980|gb|CK050660.1|CK050660
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGTTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATCGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|5701699|gb|AU063506.2|AU063506
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88695201|gb|CI739239.1|CI739239
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|13895987|gb|AU182323.1|AU182323
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88351968|gb|CI625968.1|CI625968
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|117233450|gb|CT848145.1|CT848145
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGTTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATCGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88352980|gb|CI630158.1|CI630158
EST:     TGGGATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88315321|gb|CI613590.1|CI613590
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGGGCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|4878131|gb|AU062430.1|AU062430
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88427267|gb|CI586815.1|CI586815
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88430123|gb|CI565136.1|CI565136
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|27553945|gb|CA997845.1|CA997845
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|29678593|gb|CB674868.1|CB674868
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88744176|gb|CI767536.1|CI767536
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88443516|gb|CI596983.1|CI596983
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88692735|gb|CI736310.1|CI736310
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88360198|gb|CI610312.1|CI610312
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88388974|gb|CI595208.1|CI595208
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88425382|gb|CI567102.1|CI567102
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|56158086|gb|C72608.2|C72608
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88300608|gb|CI587412.1|CI587412
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88398014|gb|CI585517.1|CI585517
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88724710|gb|CI747969.1|CI747969
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGAGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88728882|gb|CI752392.1|CI752392
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88393823|gb|CI621318.1|CI621318
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|58600258|gb|CK010786.1|CK010786
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGTTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATCGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88695504|gb|CI737542.1|CI737542
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88388874|gb|CI592762.1|CI592762
EST:     TGGGATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88390763|gb|CI610989.1|CI610989
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88372233|gb|CI619563.1|CI619563
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|4880550|gb|AU064849.1|AU064849
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACANTGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88696367|gb|CI739942.1|CI739942
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88354348|gb|CI624738.1|CI624738
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGG-AAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88721933|gb|CI743445.1|CI743445
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88370957|gb|CI595069.1|CI595069
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88421393|gb|CI569238.1|CI569238
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88424448|gb|CI608034.1|CI608034
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88571245|gb|CI662618.1|CI662618
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|4879156|gb|AU063455.1|AU063455
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTNGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATT-GATTGGCAAG
EST: gi|88724437|gb|CI747696.1|CI747696
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGAGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88424498|gb|CI608084.1|CI608084
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|27553947|gb|CA997847.1|CA997847
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88300718|gb|CI589710.1|CI589710
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|32947868|gb|BP184440.1|BP184440
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88726581|gb|CI750236.1|CI750236
EST:     CGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTCGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88740039|gb|CI763547.1|CI763547
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|58658595|gb|CK047275.1|CK047275
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGTTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATCGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|428929|gb|D25085.1|D25085
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88692197|gb|CI735772.1|CI735772
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88730308|gb|CI753922.1|CI753922
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88348501|gb|CI629990.1|CI629990
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCACCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|568321|gb|D39165.1|D39165
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88390958|gb|CI592866.1|CI592866
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|38565671|gb|CK085124.1|CK085124
EST:     TGGAATNGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
EST: gi|88347145|gb|CI631225.1|CI631225
EST:     TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAG                         GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
genomic: TGGAATTGAGGGATGGTGGCTCTGATTACTTGGGAAAGGGTGTCCTCAAGgtttgtcctt ... atttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacatttctatggatgtctgccttcatctttacatgccgtttgttatttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG
 ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                           ttatttc  putative PPT
                                       tttgttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agccccccctcttgcatcatgcgttgtgcgatcttttaaatttttaacatttctatggatgtctgccttcatctttacatgccgtttgttatttcaacagGCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG

- - - - -tcttgca
- - - - - - - - -catgcgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atggatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgccg