Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtcgttgcactatgtagctattagaacctgggcactagaaatttttatagttctaattttcaaggcgacttcgaatagctattcaggtgacttattattacggtgttgccttgttcttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGCGAATGGTCTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g57250.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|3760881|gb|C98135.1|C98135
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|86535627|gb|CI175833.1|CI175833
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|89170905|gb|CI040182.1|CI040182
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|86850814|gb|CI338790.1|CI338790
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|88838170|gb|CI372738.1|CI372738
EST:     ATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: ATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|14571418|gb|BI118786.1|BI118786
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGCTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|88286689|gb|CI517800.1|CI517800
EST:     CTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: CTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|88252911|gb|CI350336.1|CI350336
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTTTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|58688338|gb|CK077025.1|CK077025
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|58683213|gb|CK071900.1|CK071900
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|13165375|gb|AU174172.1|AU174172
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|86863834|gb|CI332845.1|CI332845
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|86510796|gb|CI153429.1|CI153429
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|313079501|gb|HO213059.1|HO213059
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|86873635|gb|CI330013.1|CI330013
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|89176834|gb|CI013407.1|CI013407
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|88963014|gb|CI025500.1|CI025500
EST:     ATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: ATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|55409064|gb|CV721440.1|CV721440
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|88319682|gb|CI520725.1|CI520725
EST:     GTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: GTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|87034650|gb|CI189274.1|CI189274
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|29645716|gb|CB650723.1|CB650723
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|86842406|gb|CI335293.1|CI335293
EST:     TACGAGGACAGGGAT-GTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|89194933|gb|CI003397.1|CI003397
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|88263818|gb|CI367592.1|CI367592
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|5456482|gb|AU075793.1|AU075793
EST:     ACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCNGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: ACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCT-CGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|86879087|gb|CI315459.1|CI315459
EST:     ACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGGTCGTTGGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGTACATCAGATGC
genomic: ACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTT-GGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|29685040|gb|CB681315.1|CB681315
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|88979064|gb|CI025572.1|CI025572
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|89198698|gb|CI003435.1|CI003435
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|88465390|gb|CI529610.1|CI529610
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
EST: gi|287065|gb|D15870.1|D15870
EST:     TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGA                         AATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC
genomic: TACGAGGACAGGGATGGTGACTGGATGCTCGTTGGAGATGTTCCTTGGGAgtaagtcgtt ... ttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgaatagctattcaggtgacttattattacggtgttgccttgttcttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGCGAATGGTCTTG
                                     ccttgttctt  CT-rich tract
                  acttattatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtcgttgcactatgtagctattagaacctgggcactagaaatttttatagttctaattttcaaggcgacttcgaatagctattcaggtgacttattattacggtgttgccttgttcttgtgcgcagAATGTTTGTCAGCTCTGTGAAGAGGTTGAGGATCATGAGGACATCAGATGCGAATGGTCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG