1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatgccagttctcatatgctagttgaacaagtgtcttcattatgttgctgatcgcctctgcaaactgttgcctcccaaacaccttcattttaggttatttttcttcggtttgagcttactatccctgtttggatttgcttgcagGGAGAAACCGTGCTATGTATTTTCCTTGAATTTGTGAGTGAAGGTTCTTTGGTATCTGTATATGAGAAGCAACAGCTGGAGGAATCAACTATATCATCTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g53030.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGTCGGTTGGAGCACAAGAACATAGTGCAGTATTTTGGTGCCAAAATG GGAGAAACCGTGCTATGTATTTTCCTTGAATTTGTGAGTGAAGGTTCTTTGEST: gi|88241222|gb|CI241071.1|CI241071
genomic: TTAGTCGGTTGGAGCACAAGAACATAGTGCAGTATTTTGGTGCCAAAATGgtatgccagt ... ttgcttgcagGGAGAAACCGTGCTATGTATTTTCCTTGAATTTGTGAGTGAAGGTTCTTTG
EST: TTAGTCGGTTGGAGCACAAGAACATAGTGCAGTATTTTGGTGCCAAAATG GGAGAAACCGTGCTATGTATTTTCCTTGAATTTGTGAGTGAAGGTTCTTTG
genomic: TTAGTCGGTTGGAGCACAAGAACATAGTGCAGTATTTTGGTGCCAAAATGgtatgccagt ... ttgcttgcagGGAGAAACCGTGCTATGTATTTTCCTTGAATTTGTGAGTGAAGGTTCTTTG
ttaggttatttttcttcggtttgagcttactatccctgtttggatttgcttgcagGGAGAAACCGTGCTATGTATTTTCCTTGAATTTGTGAGTGAAGGTTCTTTGGTATCTGTATATGAGAAGCAACAGCTGGAGGAATCAACTATATCATCTT
agcttac putative branch site (score: 1)
tttgctt putative PPT
ttatttttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgccagttctcatatgctagttgaacaagtgtcttcattatgttgctgatcgcctctgcaaactgttgcctcccaaacaccttcattttaggttatttttcttcggtttgagcttactatccctgtttggatttgcttgcagGGAGAAACCGTGCTATGTATTTTCCTTGAATTTGTGAGTGAAGGTTCTTTGGTATCTGTATATGAGAAGCAACAGCTGGAGGAATCAACTATATCATCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA