Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgctgaccttactttagcaataacaactgtattaaggttgtacttgcttgttttttactaacgttcttatcaatacattaagctaaccaagttatcgagcacgaaaatttcatctgacatgttgattgtcaatgcctattagGATGTGGGAGGTATGATGTCTATTTCTGTTGAAGCAGCTGCAGCACGCGACTCGCTAAGTGATGATAAAGAGTTAATTCGCACTTATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g51430.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g51430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G71820.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
--------------gtgtgctgaccttact-ttagcaataacaactgtattaaggttgtacttgcttgtttttta---ctaacgttcttatcaatacattaagctaaccaagttatcgagcacga---aaatttcatctgacatgttgat-tgtcaatgcctatt----agGATGTGGGAGGTATGATGTCTATTTCTGTTGAAGCAGCTGCAGCACGCGACTCGCTAAGTGATGATAAAGAGTTAATTCGCACTTATGAG
              | |  ||||   || |  |  || ||     |  | |   ||  | ||  ||| || || |   | ||  |   || |  | |||    |    ||  |  |  |   |     || |||      || | ||  |   ||| |  || ||    ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  | || ||  | ||||||||||||||  |  ||  ||||||||||
gtagatatgccgatgagcactgattgtattgcttacagtatttggttcagtgttgtccttctaacttattcttgaacgcaaatatatatagctctgcat-ggtcgtctcagatgtttaaatgctttccaagtttttgtcaacttatttttacctcattctcttttttcaagGATGTAGAAGGTATGATGTCAATTTCTGTTGAAGCTGCTGCGGCTAGGGATTCTTTGAGTGATGATAAAGAAATCGTTAACACTTATGAG

upper sequence: LOC_Os02g51430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv12s0034g02360.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtgtgctgaccttactttagcaataacaactgtattaaggttgtacttgcttgttttttactaacgttcttatcaatacattaagctaaccaagttatcgagcacgaaaatttcatctgacatgttgattgtcaatgcctattagGATGTGGGAGGTATGATGTCTATTTCTGTTGAAGCAGCTGCAGCACGCGACTCGCTAAGTGATGATAAAGAGTTAATTCGCACTTATGAG
           |||   || ||| || ||       ||  | | ||||  |||   ||   || |  |  ||| |||    || | | ||||     || ||                   ||||   |  | |||   |   ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||  || || || ||  | ||||||||||||||  | ||   ||| || |||
-----------ttatcctatcaaaaagaaa------aacttagcacttttttgacctt-gttatc--ttctattaatgttgtatggtgacca-----tctagt-----------------tatgt---tcttaaatcttttacagGATGTGGAAGGGATGATGTCAATTTCTGTTGAAGCATCTGAGGCTCGGGATTCTTTGAGTGATGATAAAGAACTCATCAACACGTACGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caagttatcgagcacgaaaatttcatctgacatgttgattgtcaatgcctattagGATGTGGGAGGTATGATGTCTATTTCTGTTGAAGCAGCTGCAGCACGCGACTCGCTAAGTGATGATAAAGAGTTAATTCGCACTTATGAG
                aaaatttcat  TA-rich tract