1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagaacgaaagtgtaattaaatttgtatgcaccattgaacttaatgctctaatgtagctcctcattttaattatatgcactataactcagtgcttgcttacctaaattgcatttgtagGTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATATTGGACAAGGAGAGATCGTGGACCATCTATGGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g49320.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGTCATTGTTTTCAGTGCAGATGTCAAGGGAGAAGTGACTGGTCATTG GTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATATEST: gi|58598391|gb|CK008919.1|CK008919
genomic: AATGTCATTGTTTTCAGTGCAGATGCCAAGGGAGAAGTGACTGGTCATTGgtaagaacga ... gcatttgtagGTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATAT
EST: AATGTCATTGTTTTCAGTGCAGATGCCAAGGGAGAAGTGACTGGTCATTG GTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATATEST: gi|86597914|gb|CI276700.1|CI276700
genomic: AATGTCATTGTTTTCAGTGCAGATGCCAAGGGAGAAGTGACTGGTCATTGgtaagaacga ... gcatttgtagGTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATAT
EST: CATTGTTTTCAGTGCAGATGCCAAGGGAGAAGTGACTGGTCATTG GTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATAT
genomic: CATTGTTTTCAGTGCAGATGCCAAGGGAGAAGTGACTGGTCATTGgtaagaacga ... gcatttgtagGTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATAT
attttaattatatgcactataactcagtgcttgcttacctaaattgcatttgtagGTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATATTGGACAAGGAGAGATCGTGGACCATCTATGGAG
aattatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagaacgaaagtgtaattaaatttgtatgcaccattgaacttaatgctctaatgtagctcctcattttaattatatgcactataactcagtgcttgcttacctaaattgcatttgtagGTATGGTTATGTTTCTCCTGATGATGTGCCTGTCTTGCTACATAAACATATTGGACAAGGAGAGATCGTGGACCATCTATGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC