Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacagtagtttacctagcatttactcacttgtgattgatgtatgtaacgactggcatcacaactgtgtatgctcaatcttgcagCTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTGGATTTTTTTCTCTACCAAAATCATTTGTGTATAGCATTTGAAATGCTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g47410.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g47410.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G849796_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtacagtagtttacctagcattt---actcacttgtgattgatgtatgtaacgactggcatcacaactgtg--tatgctcaatcttgcagCTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTGGATTTTTTTCTCTACCAAAATCATTTGTGTATAGCATTTGAAATGCTTG
|||  |||  |    |   ||||   | | |||| |  | ||||  || ||  |   | |||||| |||||  |||  |    | ||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
gtatggtaactatgttgcaattttgcatttacttttactggatgcttgcaaaaatatgaatcaca-ctgtgactataatattgcctgcagTTAAATGAGAAATTTGATCCTGATGATGAACATCACATTGTCCGGATGCTGGATTTTTTCCTCTACCAAAACCATTTGTGTATAGCCTTTGAAATGCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38470825|gb|CF954956.1|CF954956
EST:     AGCCTGCCTTTTATCAGCAAGCTATCATGGAGGTCTCACTGTTGAGCATG                         CTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTG
genomic: AGCCTGCCTTTTATCAGCAAGCTATCATGGAGGTCTCACTGTTGAGCATGgtacagtagt ... aatcttgcagCTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTG
EST: gi|58659441|gb|CK048121.1|CK048121
EST:     AGCCTGCCTTTTATCAGCAAGCTATCATGGAGGTCTCACTGTTGAGCATG                         CTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTG
genomic: AGCCTGCCTTTTATCAGCAAGCTATCATGGAGGTCTCACTGTTGAGCATGgtacagtagt ... aatcttgcagCTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTG
EST: gi|58666776|gb|CK055462.1|CK055462
EST:     AGCCTGCCTTTTATCAGCAAGCTATCATGGAGGTCTCACTGTTGAGCATG                         CTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTG
genomic: AGCCTGCCTTTTATCAGCAAGCTATCATGGAGGTCTCACTGTTGAGCATGgtacagtagt ... aatcttgcagCTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgattgatgtatgtaacgactggcatcacaactgtgtatgctcaatcttgcagCTGAATGAGAAATATGATCCTGATGATCAACACCACATTGTCCGGATGCTGGATTTTTTTCTCTACCAAAATCATTTGTGTATAGCATTTGAAATGCTTG
            atgtaac  putative branch site (score: 3)
           tatgtaa  TA-rich tract