Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcctctttttactgttcattgatgcatttattggcatttagagaaataaattcttgcaacttgaaatattctaaacaacttactccttcccttattttgtagGGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTACCACTAGTGTTGCATTGAGGTCAGGGTTCATCCTTGCTATAGTATGCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g47220.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58660421|gb|CK049101.1|CK049101
EST:     ATCTCTAAAGAAGCTTCCTTTAAGTTGTAGATGCTGATCATATAAGCTGG                         GGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTA
genomic: ATCTCTAAAGAAGCTTCCTTTAAGTTGTAGATGCTGATCATATAAGCTGGgtatgcctct ... tattttgtagGGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTA
EST: gi|29625051|gb|CB630062.1|CB630062
EST:     ATCTCTAAAGAAGCTTCCTTTAAGTTGTAGATGCTGATCATATAAGCTGG                         GGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTA
genomic: ATCTCTAAAGAAGCTTCCTTTAAGTTGTAGATGCTGATCATATAAGCTGGgtatgcctct ... tattttgtagGGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTA
EST: gi|58670198|gb|CK058884.1|CK058884
EST:     ATCTCTAAAGAAGCTTCCTTTAAGTTGTAGATGCTGATCATATAAGCTGG                         GGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTA
genomic: ATCTCTAAAGAAGCTTCCTTTAAGTTGTAGATGCTGATCATATAAGCTGGgtatgcctct ... tattttgtagGGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTA
EST: gi|58657517|gb|CK046197.1|CK046197
EST:     ATCTCTAAAGAAGCTTCCTTTAAGTTGTAGATGCTGATCATATAAGCTGG                         GGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTA
genomic: ATCTCTAAAGAAGCTTCCTTTAAGTTGTAGATGCTGATCATATAAGCTGGgtatgcctct ... tattttgtagGGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaattcttgcaacttgaaatattctaaacaacttactccttcccttattttgtagGGTTAATACCTTTGCTCATTTGTTTGTCATCTGTTGCTCCCTAGTTAATTACCACTAGTGTTGCATTGAGGTCAGGGTTCATCCTTGCTATAGTATGCAA
                             aacttac  putative branch site (score: 2)
                               cttactccttccctta  CT-rich tract
             ttgaaatattctaaa  TA-rich tract