Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttagctattacttaacatattattatagggttactcacaaatttaaacagtccatgaattccgcttacaatcatcctgctgatatgtgatgtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGGCCGAGATCGTTCCGGTGGTTCTGACATGAAGTGCTATGAATGTGGCGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g39720.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g39720.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G107896_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
---ttagctattacttaacatatta-ttatagggttactcacaaatttaaacagtccatgaattc-cgcttacaatcatcctgctgatatgtgatgtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGGCCGAGATCGTTCCGGTGGTTCTGACATGAAGTGCTATGAATGTGGCGA---
   ||         ||  ||  |||  ||  | | | | || | | || | || |   ||||||   | |||   | ||| || |||| |||| |    | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||     ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||   
taattgaacgaagttttgcactttagctactgtgat-cacatatacttcagcaatttgtgaatttatgtttatgtttatcttgttgatttgtgct----tgatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGATGGTGGTGGCCGTGGCCGAGACCGT---AATGGTTCTGATATGAAGTGCTATGAGTGTGGTGAAGT

upper sequence: LOC_Os02g39720.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G027105_T07 (Zea mays), 3'ss of exon 3
-------ttagctattacttaacatattattatagggttactcacaaatttaaacagtccatgaattccgcttacaatcatcctgctgatatgtgatgtgctta-tagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGGCCGAGATCGTTCCGGTGGTTCTGACATGAAGTGCTATGAATGTGGCGA---
       ||||  |||     | || ||    |   | ||||  | |||  | | | | || | |||  |   |      |  |||| ||   |  |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||| |||      |||||||| |||||||||||||| ||||| ||   
ttatttattagtaattgaacgaaattttgcacttcagctact-gcgaatacatatacttca-gcattttgtgaat-----ttatgcttatggatt-tgtgcttaatagGTAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTGTCAACTAAAGTTGGTGGTGGCCGTGGCCGAGACCGT---AACGGTTCTGATATGAAGTGCTATGAGTGTGGTGAAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29660884|gb|CB657159.1|CB657159
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|32948206|gb|BP184778.1|BP184778
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|29658266|gb|CB654541.1|CB654541
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|29643918|gb|CB648925.1|CB648925
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|29660883|gb|CB657158.1|CB657158
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|325493520|gb|JG458044.1|JG458044
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|29687025|gb|CB683300.1|CB683300
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|27576725|gb|CA999419.1|CA999419
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|84117541|gb|CD151308.1|CD151308
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: gi|29658267|gb|CB654542.1|CB654542
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG                         GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacagtccatgaattccgcttacaatcatcctgctgatatgtgatgtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGGCCGAGATCGTTCCGGTGGTTCTGACATGAAGTGCTATGAATGTGGCGA
                               tgctgat  putative branch site (score: 3)
        atgaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttagctattacttaacatattattatagggttactcacaaatttaaacagtccatgaattccgcttacaatcatcctgctgatatgtgatgtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGGCCGAGATCGTTCCGGTGGTTCTGACATGAAGTGCTATGAATGTGGCGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC