1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttagctattacttaacatattattatagggttactcacaaatttaaacagtccatgaattccgcttacaatcatcctgctgatatgtgatgtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGGCCGAGATCGTTCCGGTGGTTCTGACATGAAGTGCTATGAATGTGGCGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g39720.3 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|32948206|gb|BP184778.1|BP184778
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|29658266|gb|CB654541.1|CB654541
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|29643918|gb|CB648925.1|CB648925
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|29660883|gb|CB657158.1|CB657158
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|325493520|gb|JG458044.1|JG458044
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|29687025|gb|CB683300.1|CB683300
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|27576725|gb|CA999419.1|CA999419
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|84117541|gb|CD151308.1|CD151308
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGEST: gi|29658267|gb|CB654542.1|CB654542
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
EST: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATG GCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcg ... gtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTG
aacagtccatgaattccgcttacaatcatcctgctgatatgtgatgtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGGCCGAGATCGTTCCGGTGGTTCTGACATGAAGTGCTATGAATGTGGCGA
tgctgat putative branch site (score: 3)
atgaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttagctattacttaacatattattatagggttactcacaaatttaaacagtccatgaattccgcttacaatcatcctgctgatatgtgatgtgcttatagGCAAGAATGGATGGAGGGTTGAGCTGTCAACCAAAGCTGGTAGTGGTCGTGGCCGAGATCGTTCCGGTGGTTCTGACATGAAGTGCTATGAATGTGGCGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC