Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtacgctgtttctttttattacacacatgatttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g06770.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88478336|gb|CI415607.1|CI415607
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88553448|gb|CI483562.1|CI483562
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88542912|gb|CI472271.1|CI472271
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88543595|gb|CI473616.1|CI473616
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCNCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88502480|gb|CI429986.1|CI429986
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88560174|gb|CI490812.1|CI490812
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88332112|gb|CI643529.1|CI643529
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88347687|gb|CI655040.1|CI655040
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88552202|gb|CI482333.1|CI482333
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACACCAGAGTTGGGCTAAGCTNTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88479926|gb|CI417197.1|CI417197
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|66918327|gb|CX105175.1|CX105175
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         TACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|163926082|gb|EG711810.1|EG711810
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88538683|gb|CI467735.1|CI467735
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88480413|gb|CI417684.1|CI417684
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|163925821|gb|EG709617.1|EG709617
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88307704|gb|CI644744.1|CI644744
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT                         T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88560675|gb|CI491361.1|CI491361
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: gi|88524163|gb|CI452057.1|CI452057
EST:     ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA-                         T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acatgatttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAG
                                      cttatttctc  CT-rich tract
                            taaatctaaacttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtacgctgtttctttttattacacacatgatttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT