1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaagtacgctgtttctttttattacacacatgatttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g06770.3 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88553448|gb|CI483562.1|CI483562
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88542912|gb|CI472271.1|CI472271
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88543595|gb|CI473616.1|CI473616
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCNCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88502480|gb|CI429986.1|CI429986
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88560174|gb|CI490812.1|CI490812
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88332112|gb|CI643529.1|CI643529
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88347687|gb|CI655040.1|CI655040
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88552202|gb|CI482333.1|CI482333
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACACCAGAGTTGGGCTAAGCTNTGGTGCEST: gi|88479926|gb|CI417197.1|CI417197
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|66918327|gb|CX105175.1|CX105175
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT TACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|163926082|gb|EG711810.1|EG711810
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88538683|gb|CI467735.1|CI467735
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88480413|gb|CI417684.1|CI417684
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|163925821|gb|EG709617.1|EG709617
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88307704|gb|CI644744.1|CI644744
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGAT T-C--T--GCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88560675|gb|CI491361.1|CI491361
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCEST: gi|88524163|gb|CI452057.1|CI452057
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
EST: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGA- T----TCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
genomic: ACGCATGCCAATGTTGAGAAAGGGCTCGTGCTGTCTGAATGCCTAAAGATgtaagtacgc ... ctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGC
acatgatttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAG
cttatttctc CT-rich tract
taaatctaaacttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtacgctgtttctttttattacacacatgatttgtccttgagcagtgtgtactaaatctaaacttatttctcatgtaagTACAGTCTGCGCCGGGAGGGTGAACAGCAGAGTTGGGCTAAGCTGTGGTGCAAGCAGATTGCAGCCGTGGTGATTTTTGGGGTGCTGTTTAGGTCGGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT