1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gttggatgtgtgtgatttttgctttgttttctgttacattgttcatgaattaggtctaactagctttcatgtggtatttggaatgtcagGTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTCTTTTGCAGCAAATCTTGGTTTTCATGTATCCGGGACTGAAGATTTAGTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g04260.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGCCCCAGGTGGATCCACTGCAACTAGCGGTTCCCAAGCTATCTGAGAG GTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCNTGTTAGTTCEST: gi|218493526|gb|FG949743.1|FG949743
genomic: CTG-CCCAGGTGGATCCACTGCAACTAGCAGTTCCCAAGCTATCTGAGAGgttggatgtg ... ggaatgtcagGTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTC
EST: ACTGCCCAGGTGGATCCACTGCAACTAGCAGTTCCCAAGCTATCTGAGAG GTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTCEST: gi|4880964|gb|AU065263.1|AU065263
genomic: ACTGCCCAGGTGGATCCACTGCAACTAGCAGTTCCCAAGCTATCTGAGAGgttggatgtg ... ggaatgtcagGTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTC
EST: GGTGGATCCACTGCAACTAGCAGTTCCCAAGCTATCTGAGAG GTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTCEST: gi|116874985|gb|EC365493.1|EC365493
genomic: GGTGGATCCACTGCAACTAGCAGTTCCCAAGCTATCTGAGAGgttggatgtg ... ggaatgtcagGTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTC
EST: ACTGCCCAGGTGGATCCACTGCAACTAGCAGTTCCCAAGCTATCTGAGAG GTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTC
genomic: ACTGCCCAGGTGGATCCACTGCAACTAGCAGTTCCCAAGCTATCTGAGAGgttggatgtg ... ggaatgtcagGTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTC
tacattgttcatgaattaggtctaactagctttcatgtggtatttggaatgtcagGTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTCTTTTGCAGCAAATCTTGGTTTTCATGTATCCGGGACTGAAGATTTAGTT
gtctaac putative branch site (score: 25)
atgaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttggatgtgtgtgatttttgctttgttttctgttacattgttcatgaattaggtctaactagctttcatgtggtatttggaatgtcagGTTTATGGGGATCAGAGCTGCCATGGTCACCAATTGCCCCCTTGTTAGTTCTTTTGCAGCAAATCTTGGTTTTCATGTATCCGGGACTGAAGATTTAGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA