Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcaatatgcttcagtttgttttgttatctaccgagccatctgctgggtgctaatgtgataggttgttcacaaaattttctgcatatggctagaataacttgattcctgcatttgttcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTCTCTCTCTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCGAAAGACTTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g02530.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g02530.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G03120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagcaatatgcttcagtttgttttgttatctaccgagccatctgctgggtgctaatgtgataggttgttcacaaaattttctgcatatggctagaataacttgattcctgcatttgttcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTCTCTCTCTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCGAAAGACTTGG
                              |    | |     |     | |  |  | |  |   ||  | | | |||||||   ||  |       ||| ||| ||| |   ||||   |  |||||||||| ||||| || || ||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| || ||| |  | |||||||||||||| || |||||||
-----------------------------gtaagacaaagacgcaatcagat--tgtttttttttattagtgaaacaattttccaaattcgatc----taaattgtttctttggtttgaaatggtgtagGAGACGATGTCAAAAGAACATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCACTTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCAAAGGACTTGG

upper sequence: LOC_Os02g02530.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaagcaatatgcttcagtttgttttgttatctaccgagccatctgctgggtgc-taatgtgataggttgttcacaaaattttctgca--tatggctagaataacttgattcctgcatttgttcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTCTCTCTCTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCGAAAGACTTGG
                                ||  || | ||  ||   || | |    |  |   || |   | | |||||       | |||  ||  |  |   |||     || |    | ||| ||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||  | || || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||
-------------------------------gtaa-gaacaattagccaagttcctgcctttcttatttctatgccatatttttcatgattctggaaagcctgtccgaattttgatatgttcattcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCAATGCTGTTATCACTATTCCTTCTCTTCAAGTTTCTATCAAAAGACTTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29629871|gb|CB634880.1|CB634880
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCATCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58590779|gb|CF989087.1|CF989087
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|701074|gb|D47365.1|D47365
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|88350597|gb|CI631320.1|CI631320
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCA
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCA
EST: gi|701106|gb|D47397.1|D47397
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|701499|gb|D47790.1|D47790
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|88394586|gb|CI605927.1|CI605927
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTAC-GTTCTGTCAAGCCGACTCCACC-TCT                         GAGA-AATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTC
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTC
EST: gi|88298801|gb|CI565998.1|CI565998
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTAC-GTTCTGTCAAGCCGACTC-ACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58660337|gb|CK049017.1|CK049017
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|58674882|gb|CK063569.1|CK063569
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
EST: gi|2443050|gb|C74821.1|C74821
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGGTCTGTCAAGCCGACTCCAACCTCT                         GAGANAATGTCCAAGG
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGG
EST: gi|700874|gb|D47165.1|D47165
EST:     TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCT                         GAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT
genomic: TTGCTGTCTATGTGGGCTGTTACCGTTCTGTCAAGCCGACTCCACCCTCTgtaagcaata ... tcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaattttctgcatatggctagaataacttgattcctgcatttgttcttatgtagGAGACAATGTCCAAGGAGCATGCTATGCGGTTTCCTTTGGTGGGAAGTGCTATGCTTCTCTCTCTGTTCCTTCTATTCAAGTTTCTCTCGAAAGACTTGG
                                        tttgttctt  CT-rich tract
                   tagaataa  TA-rich tract