1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...cggttgctagacatcttgggtgcatttgcaatcctattttaaaatgttgatacctttttatgctgaacctcttcaccccacaaaattttgcaatttgcagATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAACAAGCATCTGGCAGGTTGAAGATGCCTTCAAGACTGCCAGCAAGATATC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g73840.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCAATCAGAAGCTAAGGATAAGGGGAACAAG ATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAEST: gi|58663455|gb|CK052141.1|CK052141
genomic: ATCAATCAGAAGCTAAGGATAAGGGGAACAAGgtacaaatat ... caatttgcagATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTG-CAATACTGAGTCTAAAGCATCA
EST: ATCAATCAGAAGCTAAGGATAAGGGGAACAAG ATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAAEST: gi|41883562|gb|BX928487.1|BX928487
genomic: ATCAATCAGAAGCTAAGGATAAGGGGAACAAGgtacaaatat ... caatttgcagATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAA
EST: ATCAATCAGAAGCTAAGGATAAGGGGAACAAG ATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAAEST: gi|58611159|gb|CK038871.1|CK038871
genomic: ATCAATCAGAAGCTAAGGATAAGGGGAACAAGgtacaaatat ... caatttgcagATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAA
EST: ATCAATCAGAAGCTAAGGATAAGGGGAACAAG ATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAA
genomic: ATCAATCAGAAGCTAAGGATAAGGGGAACAAGgtacaaatat ... caatttgcagATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAA
gttgatacctttttatgctgaacctcttcaccccacaaaattttgcaatttgcagATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAACAAGCATCTGGCAGGTTGAAGATGCCTTCAAGACTGCCAGCAAGATATC
tgttgat putative branch site (score: 8)
aaaattttgcaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cggttgctagacatcttgggtgcatttgcaatcctattttaaaatgttgatacctttttatgctgaacctcttcaccccacaaaattttgcaatttgcagATAGATATTAAGTACGAGCTGACTTCTGCAATACTGAGTCTAAAGCATCAACAAGCATCTGGCAGGTTGAAGATGCCTTCAAGACTGCCAGCAAGATATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
cggttgc
- - - - - - - - - -gtgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgaa