Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcatttagtcaaaatgttccatgacaaatattctagaatttcctcttattgttcatatcgtttgaagtttatactcaaacgaacatgtgcttggttgcagTTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATGTCACTTATCCTTTCACCATGAACCCGCCATTTGTGCCAAATGATAATCC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g72340.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29621652|gb|CB626663.1|CB626663
EST:     GAAATTCTATGATGCCTACTTCAATGATTCAGATTGGGAGGCTTTGCCAG                         TTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATG
genomic: GAAATTCTATGATGCCTACTTCAATGATTCAGATTGGGAGGCTTTGCCAGgcatgcatgc ... ttggttgcagTTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATG
EST: gi|58690363|gb|CK079050.1|CK079050
EST:     GAAATTCTATGATGCCTACTTCAATGATTCAGATTGGGAGGCTTTGCCAG                         TTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATG
genomic: GAAATTCTATGATGCCTACTTCAATGATTCAGATTGGGAGGCTTTGCCAGgcatgcatgc ... ttggttgcagTTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATG
EST: gi|58668740|gb|CK057426.1|CK057426
EST:     GAAATTCTATGATGCCTACTTCAATGATTCAGATTGGGAGGCTTTGCCAG                         TTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATG
genomic: GAAATTCTATGATGCCTACTTCAATGATTCAGATTGGGAGGCTTTGCCAGgcatgcatgc ... ttggttgcagTTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATG
EST: gi|86904819|gb|CI310612.1|CI310612
EST:     GATTCAGATTGGGAGGCTTTGCCAG                         TTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATG
genomic: GATTCAGATTGGGAGGCTTTGCCAGgcatgcatgc ... ttggttgcagTTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattgttcatatcgtttgaagtttatactcaaacgaacatgtgcttggttgcagTTCCCTCAAACTGGCAAATGCATGGGTTTGACCGTCCAATCTACACAAATGTCACTTATCCTTTCACCATGAACCCGCCATTTGTGCCAAATGATAATCC
                   aagtttata  TA-rich tract