1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtgagagaaatgggtgtgcttgtttgtgtcatacggtaacagttgttgaattttagctgctgttatacaggatctatgaattgtgagaatggcagtaatatatttggggttaaattgtctttggtgtgctcataactgttcgaattgcagGGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCTGTCTCATTGTTGATCTAGTTGAAGCTAGCTGCTATGCTGACAATCCAGAGTGGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g64920.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCCTCCGGTTGANACGGAGGCAATTCAG GGTAGAGGTAGCTACGATGAEST: gi|88372509|gb|CI610832.1|CI610832
genomic: TGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTC-GGTTGACACGGAGGCAATTCAGgtgagagaaa ... cgaattgcagGGTAGAGGTAGCTACGATGA
EST: TTGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTCGGTTGACACGGAGGCAATTCAG GGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCTGTCTCATTGTTGATEST: gi|300215704|gb|HO088330.1|HO088330
genomic: TTGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTCGGTTGACACGGAGGCAATTCAGgtgagagaaa ... cgaattgcagGGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCTGTCTCATTGTTGAT
EST: TTGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTCGGTTGACACGGAGGCAATTCAG GGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCCGTCTCATTGTTGATEST: gi|87009560|gb|CI309081.1|CI309081
genomic: TTGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTCGGTTGACACGGAGGCAATTCAGgtgagagaaa ... cgaattgcagGGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCTGTCTCATTGTTGAT
EST: TTGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTCGGTTGACACGGAGGCNATTCAG GGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTEST: gi|29687390|gb|CB683665.1|CB683665
genomic: TTGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTCGGTTGACACGGAGGCAATTCAGgtgagagaaa ... cgaattgcagGGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGT
EST: TTGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTCGGTTGACACGGAGGCAATTCAG GGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCTGTCTCATTGTTGAT
genomic: TTGCGAATTTCCTTGGTATAACGCCTTCGGTTGACACGGAGGCAATTCAGgtgagagaaa ... cgaattgcagGGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCTGTCTCATTGTTGAT
taatatatttggggttaaattgtctttggtgtgctcataactgttcgaattgcagGGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCTGTCTCATTGTTGATCTAGTTGAAGCTAGCTGCTATGCTGACAATCCAGAGTGGAG
tcataac putative branch site (score: 7)
ttaaattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagagaaatgggtgtgcttgtttgtgtcatacggtaacagttgttgaattttagctgctgttatacaggatctatgaattgtgagaatggcagtaatatatttggggttaaattgtctttggtgtgctcataactgttcgaattgcagGGTAGAGGTAGCTACGATGAGCGTGTAGAGCTTCTCTGTCTCATTGTTGATCTAGTTGAAGCTAGCTGCTATGCTGACAATCCAGAGTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG