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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actgcagtgctattatattaaggggtgaatgacagcagaatgtggaatgctttaagagcaatcctttgccaattcactgacgtatgcttcatatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTCTGAGCGGAGAGCGCTGATGGGCGAATCAAGTGAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g62420.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G146206_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
actgcagtgctattatattaaggggtgaatgacagcagaatgtggaatgctt-taagagcaatcctttgccaattcactgacgtatgc----ttcatatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTCTGAGCGGAGAGCGCTGATGGGCGAATCAAGTGAT
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----------------------------atccaagtcactagtgaaataataactggagtatttctt--ccaattgactaatatgtgtcagttttcttgtttcagtgctgagatgctggtaaacctgcagGTGCCCTGGGTCATTTTGGGACATTCTGAGCGCAGAGCTCTGTTGGGTGAATCCAGTGAT

upper sequence: LOC_Os01g62420.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G146206_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 3
actgcagtgctattatattaaggggtgaatgacagcagaatgtggaatgctt-taagagcaatcctttgccaattcactgacgtatgc----ttcatatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTCTGAGCGGAGAGCGCTGATGGGCGAATCAAGTGAT
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atgtccatagtgctctattt---cgttgatccaagtcactagtgaaataataactggagtatttctt--ccaattgactaatatgtgtcagttttcttgtttcagTGCTGAGATGCTGGTAAACCTGCAGGTGCCCTGGGTCATTTTGGGACATTCTGAGCGCAGAGCTCTGTTGGGTGAATCCAGTGAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33666777|gb|CF297744.1|CF297744
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33693438|gb|CF321677.1|CF321677
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33793081|gb|CF322423.1|CF322423
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33692149|gb|CF320388.1|CF320388
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGCGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33694018|gb|CF322257.1|CF322257
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33689964|gb|CF318203.1|CF318203
EST:     GCGCAGAACTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|2312292|gb|C28447.1|C28447
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGC-TTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGA-CCTNCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33690687|gb|CF318926.1|CF318926
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33828594|gb|CF340117.1|CF340117
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33827559|gb|CF339596.1|CF339596
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACT
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCT-GCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACT
EST: gi|33690113|gb|CF318352.1|CF318352
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33692177|gb|CF320416.1|CF320416
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33692251|gb|CF320490.1|CF320490
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33688513|gb|CF316752.1|CF316752
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33685938|gb|CF314177.1|CF314177
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33689979|gb|CF318218.1|CF318218
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|25800835|gb|CA756796.1|CA756796
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGC
EST: gi|88722774|gb|CI746284.1|CI746284
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACAC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACAC
EST: gi|33692667|gb|CF320906.1|CF320906
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|88391559|gb|CI600748.1|CI600748
EST:     GAGCACAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGACATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33690102|gb|CF318341.1|CF318341
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|58597190|gb|CK007718.1|CK007718
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATACTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33689283|gb|CF317522.1|CF317522
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33691585|gb|CF319824.1|CF319824
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGTGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33687151|gb|CF315390.1|CF315390
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33685460|gb|CF313699.1|CF313699
EST:     GCGCAGAATTGTTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|58679577|gb|CK068264.1|CK068264
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|58683989|gb|CK072676.1|CK072676
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33826932|gb|CF339275.1|CF339275
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33828691|gb|CF340165.1|CF340165
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33692942|gb|CF321181.1|CF321181
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33829645|gb|CF340645.1|CF340645
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33828383|gb|CF340010.1|CF340010
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33686817|gb|CF315056.1|CF315056
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCCGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33691808|gb|CF320047.1|CF320047
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|58669404|gb|CK058090.1|CK058090
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33689638|gb|CF317877.1|CF317877
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|58674808|gb|CK063495.1|CK063495
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|163927744|gb|EG712492.1|EG712492
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33693863|gb|CF322102.1|CF322102
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33685357|gb|CF313596.1|CF313596
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33801873|gb|CF326808.1|CF326808
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33692386|gb|CF320625.1|CF320625
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33688347|gb|CF316586.1|CF316586
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33691552|gb|CF319791.1|CF319791
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33688724|gb|CF316963.1|CF316963
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGACTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|33690870|gb|CF319109.1|CF319109
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|58682138|gb|CK070825.1|CK070825
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTNGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
EST: gi|5003199|gb|AU068308.1|AU068308
EST:     GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAG                         TGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC
genomic: GCGCAGAATTGCTGGGTGCGCAAGGGCGGCGCCTTCACTGGCGAGATCAGgtgagcgtcc ... atatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgctttaagagcaatcctttgccaattcactgacgtatgcttcatatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTCTGAGCGGAGAGCGCTGATGGGCGAATCAAGTGAT
                             cactgac  putative branch site (score: 2)
                                          ttcatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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actgcagtgctattatattaaggggtgaatgacagcagaatgtggaatgctttaagagcaatcctttgccaattcactgacgtatgcttcatatttgcagTGCCGAGATGTTGGTGAACCTGCAGGTGCCTTGGGTGATTCTGGGACACTCTGAGCGGAGAGCGCTGATGGGCGAATCAAGTGAT

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