1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtgagtagttagttccatttttatggtaaatcctgttcacatagttaacaaattgaatggaactttgaattattaaattccttgattgctaatatgcactttcatgttaggcccacctttttcaatggtcaaaattgccactctgacaacacctgattgcctcatttgcttgtttacagAACTAAGAACTGCCGACGAACTAGTTCAAATGATTGCCCATTTCTACTACAATGCAAAGAGACCATCTTGTGTTAATCCTGAAGCTATTGCACCTCCGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g61320.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACAATTATTATTCCTCAGGGGAAACAAGATATTATACAGGGAAAAAG AACTAAGAACTGCCGACGAACTAGTTCAAATGATTGCCCATTTCTACTACAEST: gi|86522908|gb|CI163114.1|CI163114
genomic: CACAATTATTATTCCTCAGGGGAAACAAGATATTATACAGGGAAAAAGgtgagtagtt ... ttgtttacagAACTAAGAACTGCCGACGAACTAGTTCAAATGATTGCCCATTTCTACTACA
EST: CCCACAATTATTATTCCTCAGGGGAAACAAGATATTATACAGGGAAAAAG AACTAAGAACTGCCGACGAACTAGTTCAAATGATTGCCCATTTCTACTACA
genomic: CCCACAATTATTATTCCTCAGGGGAAACAAGATATTATACAGGGAAAAAGgtgagtagtt ... ttgtttacagAACTAAGAACTGCCGACGAACTAGTTCAAATGATTGCCCATTTCTACTACA
atggtcaaaattgccactctgacaacacctgattgcctcatttgcttgtttacagAACTAAGAACTGCCGACGAACTAGTTCAAATGATTGCCCATTTCTACTACAATGCAAAGAGACCATCTTGTGTTAATCCTGAAGCTATTGCACCTCCGTG
tttgctt CT-rich tract
aaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtagttagttccatttttatggtaaatcctgttcacatagttaacaaattgaatggaactttgaattattaaattccttgattgctaatatgcactttcatgttaggcccacctttttcaatggtcaaaattgccactctgacaacacctgattgcctcatttgcttgtttacagAACTAAGAACTGCCGACGAACTAGTTCAAATGATTGCCCATTTCTACTACAATGCAAAGAGACCATCTTGTGTTAATCCTGAAGCTATTGCACCTCCGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC