Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60190.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G146778_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-gtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT
  ||  ||    |  |   || | || ||  |     |||   | |||   |||      |   |||  |  |  || | || |  || ||||||||||||||| || |  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||||
gttagtcttaaataaaacctttagtccttaagagttcata--ctagat-gttctctgatctgactgagtactgcatt-ctttttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAATTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G053420_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaagctgttgt-tgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagc----gtgtttcattctcactgt----agTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT
   | ||||  | | ||| || | | |       | |        | |||  ||  ||||| | |||   |     ||  | ||||||   |||    |||||||||||||| || |  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||||
cacatctgtcatgttagtcttaaataaaacctttagtccttaagagttcatactagatgttctctgatctgactgagtactgcattctttttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAATTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggtt-----ggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctc----actgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT
 ||   |||   | |  || |  | |  |   | || ||| |       | |||  ||  ||||| | |||   | ||| | ||||||     ||| ||||||||||||||| || |  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |  ||||| || ||||||
ctattttgtctgtcatgttagtcttaaataatacctttagttcttaagagttcatactagatgttctctgatctgagtgctgcattctttctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
------------gtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT
            || ||   | | | |    |       ||  ||  || |   | |||   |||      |   |||  |  |  || | || |  || ||||||||||||||| || |  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||||
tttgtttgtcatgttagtcttagataaaacctttagtccttaagag-tacatactagat-gttctctgatctgactgagtactgcatt-ctttttgtctatagTGCTAAGCTTGTTGATCAAGCTCTTGCCTCAGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAATGGTACTCTTCACCTT

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-----gtaagctgt--tgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgttt---cattctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT
      | |||| |  | |  ||| |  |||  ||     |  ||   ||  | ||      ||| || | || |     ||||     |  ||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| ||| ||| ||||  || ||||| ||||| || ||| ||||||| || || ||  |||| || 
tccctattagctatgctatatagtctccatttcttgttttaaaatcatttctagcatgtgtgatgatt-gggatatcttggtttgtgtttgttcattttagTGCTAAGCTTGTCGACCTAGCTCTAGCCTCTGGAAAATTTTTTGAAGGAGGAGGTTTCAAGTACATAAAGGAAAGTTTTGAAAATGGCACATTGCATCTC

upper sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G45120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------gtaagctgt-tgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcatt-ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT
          || ||| | |  |   | ||  ||  |||   || |||   | | ||   | ||    ||  |  |     || | | |||  ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || || ||  |||| || 
ccccattagctatgctatatagtctatatttcttagttttaaaattattcatagcatg--tgtgatgattgggatatcttggtttgtgattgttcattttagTGCTAAGCTTGTCGACCTTGCTCTAGCCTCTGGAAAAATTTTTGAAGGAGAAGGTTTCAAGTACATAAAGGAATGTTTTGAAAATGGCACATTGCATCTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|2312538|gb|C28693.1|C28693
EST:     GCGAAGTGGNGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAA
genomic: GCGAAGTGG-GTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGG-ACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAA
EST: gi|88372782|gb|CI612710.1|CI612710
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|84117573|gb|CD151340.1|CD151340
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88317421|gb|CI628070.1|CI628070
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCC
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCC
EST: gi|25800076|gb|CA756037.1|CA756037
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTNAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58670062|gb|CK058748.1|CK058748
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58694638|gb|CK083325.1|CK083325
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58687704|gb|CK076391.1|CK076391
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88427231|gb|CI586779.1|CI586779
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGGCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58610007|gb|CK038040.1|CK038040
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58672052|gb|CK060738.1|CK060738
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29616024|gb|CB621036.1|CB621036
EST:     GGTCACAATGCTCCTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: GGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58691250|gb|CK079937.1|CK079937
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29614142|gb|CB619155.1|CB619155
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88364256|gb|CI612205.1|CI612205
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58605105|gb|CK033138.1|CK033138
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88311902|gb|CI577508.1|CI577508
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATG
EST: gi|29633640|gb|CB638649.1|CB638649
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88722323|gb|CI745833.1|CI745833
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTG
EST: gi|88407542|gb|CI586383.1|CI586383
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88401995|gb|CI593707.1|CI593707
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTT
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTT
EST: gi|29687802|gb|CB684077.1|CB684077
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88407648|gb|CI607782.1|CI607782
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|33675454|gb|CF303693.1|CF303693
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|29636841|gb|CB641850.1|CB641850
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88395551|gb|CI613073.1|CI613073
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGC
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGC
EST: gi|88367105|gb|CI563869.1|CI563869
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCGTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88434349|gb|CI589414.1|CI589414
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTT
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTT
EST: gi|88427224|gb|CI586772.1|CI586772
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAG
EST: gi|29634606|gb|CB639615.1|CB639615
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58667889|gb|CK056575.1|CK056575
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88317395|gb|CI628044.1|CI628044
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCC
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCC
EST: gi|88407499|gb|CI586340.1|CI586340
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88362002|gb|CI607002.1|CI607002
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88720640|gb|CI743939.1|CI743939
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGG
EST: gi|88360007|gb|CI608521.1|CI608521
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGG
EST: gi|88299059|gb|CI568062.1|CI568062
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTA
EST: gi|88344838|gb|CI624489.1|CI624489
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         G
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtag-
EST: gi|88344838|gb|CI624489.1|CI624489
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         G
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtag-
EST: gi|87006706|gb|CI285740.1|CI285740
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58677212|gb|CK065899.1|CK065899
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88425592|gb|CI569316.1|CI569316
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGCGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58674042|gb|CK062728.1|CK062728
EST:     GGTCGCATTTTTGCTCAGTGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAG
genomic: GGTCGCATTTTTGCTCAG-GGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAG
EST: gi|88365099|gb|CI616518.1|CI616518
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTG
EST: gi|58668452|gb|CK057138.1|CK057138
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88444106|gb|CI594479.1|CI594479
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTT
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTT
EST: gi|88315777|gb|CI617250.1|CI617250
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAA
EST: gi|38473067|gb|CF957199.1|CF957199
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88337040|gb|CI628126.1|CI628126
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTT
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTT
EST: gi|58667774|gb|CK056460.1|CK056460
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88377639|gb|CI605474.1|CI605474
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88364834|gb|CI614452.1|CI614452
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGAT
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGAT
EST: gi|88414777|gb|CI604135.1|CI604135
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGG
EST: gi|58667892|gb|CK056578.1|CK056578
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88403734|gb|CI611389.1|CI611389
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGC-TTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAG
EST: gi|88727473|gb|CI751128.1|CI751128
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88360396|gb|CI612115.1|CI612115
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|3766736|gb|AU030846.1|AU030846
EST:     CGAAGTGGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: CGAAGTGGG-TCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTT-GCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88388221|gb|CI627760.1|CI627760
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGC
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGC
EST: gi|88370351|gb|CI587741.1|CI587741
EST:     AGCGAAGTGGGTAACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88346575|gb|CI623032.1|CI623032
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGG
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGG
EST: gi|58597783|gb|CK008311.1|CK008311
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88394654|gb|CI622528.1|CI622528
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGAC
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGAC
EST: gi|58593381|gb|CF991689.1|CF991689
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|88762402|gb|CI771958.1|CI771958
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
EST: gi|58690635|gb|CK079322.1|CK079322
EST:     AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGG                         TGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA
genomic: AGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagctgtt ... ctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT
                                           ttctcac  putative branch site (score: 2)
                                      tttcattctc  CT-rich tract
                   atgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA