Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagatttctcatctttgtattatcacatcctgcctcttgtagttatcatctaaagcttgctatatcttagtcaaacactgttcgtattttgtgctattagGAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60040.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
aagatttctcatctttgtatta-tcacatcctgcctcttgtagttat-catctaaagcttgct-atatcttagtcaaacactgttcgtatt-ttgtgctattagGAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAG
      |  ||| | ||| ||| || |||  |  ||||| ||  |||  ||   | | |   | ||||| |  ||||  |   | | |||| |||||  || ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
----acttgcatgtctgttttaatcccatgttctctcttataactatgtatagcatggtaaatgatatcatgctcaagaaaactacatattgttgtggcatcagGAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAG

upper sequence: LOC_Os01g60040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G070126_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
-------aagatttctcatctttgtattatcacatcctgcctcttgtagttatcatctaaagcttgctatatcttagtcaaacactgttcgtatt-ttgtgctattagGAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAG
       |   || | || || | ||  ||| |||    |||||| || ||      || ||| ||   || | |  ||||  |   | | | || || | || | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
aaaacgtatagttgcacacctgtttaa-atcccatgtgccctcttataattg-----tatagcatg--gtaacatgctcaagaaaactgcatgttgttctcctgtcagGAATCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTCAG

upper sequence: LOC_Os01g60040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv10s0116g00490.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
aagatttctcatct-ttgtat-tatcacatcctgcctcttgtagttatcatctaaagcttgctatat-cttagtcaaacactgttcgtattttgtgctattagGAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAG
  | | || ||  |  || |  | |   ||        ||    || | |  | |   || ||  || |||||  | | ||    ||| |  ||||    |||||  | |||||||| ||  | || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||
tgggtgtcccagttgctgcaaatgtttgattggtttggtttcctttgttag-tgacattttctggatgcttagctacagacaa--cgtttgctgtgactgtagGATGCCATGGAGAAAGCAATTAAAAACAAAGTTGCCAAAGCAGTTGTACCTGCCATTGATGTTATGTTCCAAGCCCTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatctaaagcttgctatatcttagtcaaacactgttcgtattttgtgctattagGAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAG
  atctaaa  putative branch site (score: 3)
               tatatctta  TA-rich tract