1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttctactgctccattagaatgataacttatcacgcctagtttgtttagaacagacatgatttttatggtgtagttactatatcgtacattccttgtgcagTTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAGGCGCATGGCTGATTAGTTCCCTCCATTACTAGCCAATGCTGTATCCACG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g56890.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATGAAGTCCCTGGAGCCATTTGGACGGGAACTACATTCCATGAAAAAG TTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAGEST: gi|33799632|gb|CF325677.1|CF325677
genomic: AGATGAAGTTCCTGGAGCCATTTGGACGGGAACTACATTCCATGAAAAAGgtaatgcaag ... ccttgtgcagTTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAG
EST: AGATGAAGTTCCTGGAGCCATTTGGACGGGAACTACATTCCATGAAAAAG TTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAGEST: gi|58592272|gb|CF990580.1|CF990580
genomic: AGATGAAGTTCCTGGAGCCATTTGGACGGGAACTACATTCCATGAAAAAGgtaatgcaag ... ccttgtgcagTTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAG
EST: AGATGAAGTTCCTGGAGCCATTTGGACGGGAACTACATTCCATGAAAAAG TTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAGEST: gi|40486224|gb|BX897858.1|BX897858
genomic: AGATGAAGTTCCTGGAGCCATTTGGACGGGAACTACATTCCATGAAAAAGgtaatgcaag ... ccttgtgcagTTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAG
EST: CGGGAACTACA-TCCATGAAAAAG -TCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAGEST: gi|66912776|gb|CX099624.1|CX099624
genomic: CGGGAACTACATTCCATGAAAAAGgtaatgcaag ... ccttgtgcagTTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAG
EST: ACGGGAACTACATTCCATGAAAAAG TTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAG
genomic: ACGGGAACTACATTCCATGAAAAAGgtaatgcaag ... ccttgtgcagTTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAG
tagaacagacatgatttttatggtgtagttactatatcgtacattccttgtgcagTTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAGGCGCATGGCTGATTAGTTCCCTCCATTACTAGCCAATGCTGTATCCACG
cattcctt CT-rich tract
atgatttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctactgctccattagaatgataacttatcacgcctagtttgtttagaacagacatgatttttatggtgtagttactatatcgtacattccttgtgcagTTCATGGACAAGTCATGCAGCGTTATGGACTCATCTATGTCAAATAAGTAGGCGCATGGCTGATTAGTTCCCTCCATTACTAGCCAATGCTGTATCCACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- ctactgc
- - - - - - - - - - - - - - - cacgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaacaga