1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...cctttacaccacaattccaaatactttaatatatgttggaagtccaagtctctaacaactgatcccatcttgtattggtattgtgttttatcctttgcagGACAATATTGGAAGATGATAGCGACCACAAGGCCCTGTTCGAGAAGTCACTCGTCGGGCAAATCAACATCGAGGATATGAGTGGAAAAGCTAAGGATGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g35980.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aagtctctaacaactgatcccatcttgtattggtattgtgttttatcctttgcagGACAATATTGGAAGATGATAGCGACCACAAGGCCCTGTTCGAGAAGTCACTCGTCGGGCAAATCAACATCGAGGATATGAGTGGAAAAGCTAAGGATGTG
ttttatccttt CT-rich tract
tgttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctttacaccacaattccaaatactttaatatatgttggaagtccaagtctctaacaactgatcccatcttgtattggtattgtgttttatcctttgcagGACAATATTGGAAGATGATAGCGACCACAAGGCCCTGTTCGAGAAGTCACTCGTCGGGCAAATCAACATCGAGGATATGAGTGGAAAAGCTAAGGATGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - -accacaa
- - - - - - - - -caaatac
- - - - - - - - - - - - - - - -tatgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtgtt