1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtatctatattggaatttaatattttatcttccgatgacttactgtgctttgtttacatttttatctctcttcttacattgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCCAAAGAAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATCAGAAGACT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g27520.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAG GTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCEST: gi|5003639|gb|AU068788.1|AU068788
genomic: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAGgtatctatat ... attgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCC
EST: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAG GTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCEST: gi|66912938|gb|CX099786.1|CX099786
genomic: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAGgtatctatat ... attgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCC
EST: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAG GTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCEST: gi|58683506|gb|CK072193.1|CK072193
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EST: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAG GTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCEST: gi|5003638|gb|AU068787.1|AU068787
genomic: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAGgtatctatat ... attgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCC
EST: CGAAAACCAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAAG GTATTT-ACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCEST: gi|29614514|gb|CB619527.1|CB619527
genomic: CGAAAA-CAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATG-AAAGgtatctatat ... attgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATC
EST: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAG GTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCC
genomic: TTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAGgtatctatat ... attgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCC
cgatgacttactgtgctttgtttacatttttatctctcttcttacattgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCCAAAGAAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATCAGAAGACT
ttcttac putative branch site (score: 61)
tttttatctctcttct CT-rich tract
tttgtttacattttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatctatattggaatttaatattttatcttccgatgacttactgtgctttgtttacatttttatctctcttcttacattgtttaagGTATTTAACCGAGGTGATATTTAAGAAGCCGGTGATTGTTTATAACTATCCCAAAGAAATAAAGGCATTTTATATGAGACTCAATGATGATCAGAAGACT
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