1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtgagcttgcttactccctcagcctcctataccatgctttgagttgcttccttcaactgctatttgtaggttgaaataagcatttggtgacgtgcaacgagcccctttatcaattgatcaacatctcgtttgcttatgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTGTTATC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g25189.4 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88382930|gb|CI683025.1|CI683025
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88381595|gb|CI682259.1|CI682259
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|95101312|gb|CI693057.1|CI693057
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88578322|gb|CI687245.1|CI687245
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88321685|gb|CI672826.1|CI672826
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88586843|gb|CI704564.1|CI704564
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88585134|gb|CI702743.1|CI702743
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88392073|gb|CI683901.1|CI683901
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88592386|gb|CI710488.1|CI710488
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88581855|gb|CI699069.1|CI699069
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88338970|gb|CI677787.1|CI677787
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88588303|gb|CI706111.1|CI706111
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88586051|gb|CI703733.1|CI703733
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88467343|gb|CI696721.1|CI696721
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTEST: gi|88587188|gb|CI704920.1|CI704920
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GCTCCTAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTEST: gi|88584801|gb|CI702380.1|CI702380
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagG-TCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGT
EST: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACG GTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
genomic: TGCTGGTGCTCTCTGCGCTCGGTGTCTACATGGGATGGATGTCCCCTACGgtgagcttgc ... atgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGT
cgtgcaacgagcccctttatcaattgatcaacatctcgtttgcttatgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTGTTATC
aattgat putative branch site (score: 4)
tttatcaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagcttgcttactccctcagcctcctataccatgctttgagttgcttccttcaactgctatttgtaggttgaaataagcatttggtgacgtgcaacgagcccctttatcaattgatcaacatctcgtttgcttatgattgcagGTCATAGCTGACCGTGGAATAGAGCTGTTGTCTGCAACCTTCATTTTTAGTGTTATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT