Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g17390.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g17390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G130348_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgttcccgagc-acccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtga-tgaggagtatttt-------accagtggacagtgtgttc--attcatgtgttgctatg----tttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG
|||||||||||||| ||||| ||||||   ||||||  |                      ||||            ||||||||| |||| |||||||  |||||||||||||       | ||||||| |||||||||  |||||||   | | |||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||
gtatgttcccgagccacccagcaacgc--ttgcttttaatg--------------------cattg-----------atgctaatcctatccgatagtggctgaggagtattttttttttaatcagtggatagtgtgttctcattcatgcacttccatgcatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGGCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGCGAACACTTTTGTCGGTGCCATCTTAGTG

upper sequence: LOC_Os01g17390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G44660.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG-------------------------
                                                | ||  ||| |    | | || |    |||||  |  ||   | | |   ||    |   ||||    ||| | |||   || ||  |    |     | | ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||   ||| ||||| | |||  | |  || || ||||||  |||||                         
------------------------------------------------aaaaataattacttctccaatcttaattatgc--agtttcctttacatctatc--tacccttttttttgtg-atagtagattgatgaa---atgaacctttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAAATTACTGCCGTTGTCATAGTAGTGGTGAGCTAATGCATTTTCCATTTAA

upper sequence: LOC_Os01g17390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G08260.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgata-gtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtt-tggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG
                                                          |  | ||  ||||     ||  ||    ||||   ||  ||||  | | ||| |||       |     ||||   | | | | |||    || ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| |||||  | | ||| || ||||||  |||||
----------------------------------------------------------attaattttatatacttcatattagaagtatcaagtatatgattggaaatatattaagctaaaatgaattgttgcatgacgaggtgcacctttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAAATTATTGCCGATGTCATAGTAGTG

upper sequence: LOC_Os01g17390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G44660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG
                                                | ||  ||| |    | | || |    |||||  |  ||   | | |   ||    |   ||||    ||| | |||   || ||  |    |     | | ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||   ||| ||||| | |||  | |  || || ||||||  |||||
------------------------------------------------aaaaataattacttctccaatcttaattatgc--agtttcctttacatctatc--tacccttttttttgtg-atagtagattgatgaa---atgaacctttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAAATTACTGCCGTTGTCATAGTAGTG

upper sequence: LOC_Os01g17390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA07G36360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG
                                         || || |||| ||  |  | | ||| ||||  ||  | |     |    | ||| | |     | |   ||       |||   |||  | || |||              ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| |||||  | | ||| || ||||||  |||||
-----------------------------------------tgataaaagagcctttgtatacttc-atattagaagtacatgattggaattatattaagctaaaatgaattgttgcatgacgaggtgcacctttatg--------------gcagGCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAAATTATTGCCGATGTCATAGTAGTG

upper sequence: LOC_Os01g17390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA14G04080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG
                                                | ||  ||| |    | | || |    |||||  || ||     | |   ||      | ||||       || |||   || ||  |  ||   || | |  |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||| | |||  | |  || || ||||||  |||||
----------------------------------------------ataaaaataattacttctccaatcttaattatgc--attttcctatacatctatctacccttttttgt-----gatagtagattgatg-aaatgcacctttat--ggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTTATGCGATGGGAATGAAAATTACTGCCGTTGTCATAGTAGTG

upper sequence: LOC_Os01g17390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ30849 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGT------GATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG---------
                                                                           |||| |  || | | || |  || |   | | || | | |    ||||  || ||  ||          | | | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||  || ||||||      |  || | | |   |  | ||| |  |  |  | |           
--------------------------------------------------------------------------gtatg-tgttcctgtttg-ttttgctcgagcggatataaacttaagacaa-gtttttgttt---------tctatctggcagGCTGGTGGTATGGAATTGTTGGTCACTCTGATTCATGTTCCAACGCCGGGAATAATAGCAGTCGTCAGCATTGTTCTTGCCAGAGTGACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87040209|gb|CI194831.1|CI194831
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGNCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|86479870|gb|CI122503.1|CI122503
EST:     TCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         NCTGGTGGTATGGAGTTGTTGCCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: TCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|88994072|gb|CI116036.1|CI116036
EST:     AGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGCCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|87029722|gb|CI274403.1|CI274403
EST:     AATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGCCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|87021508|gb|CI274115.1|CI274115
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|218491268|gb|FG950311.1|FG950311
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|87031194|gb|CI259774.1|CI259774
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|86479879|gb|CI122512.1|CI122512
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|86481774|gb|CI124407.1|CI124407
EST:     AGGCGATAACAATGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|38478130|gb|CF962263.1|CF962263
EST:     CGAT-ACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: CGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|3762031|gb|C99279.1|C99279
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|218494279|gb|FG965188.1|FG965188
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|87041818|gb|CI196440.1|CI196440
EST:     TAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: TAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|88198100|gb|CI197950.1|CI197950
EST:     AGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|87039398|gb|CI194020.1|CI194020
EST:     GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGNCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|86480875|gb|CI123508.1|CI123508
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|86480865|gb|CI123498.1|CI123498
EST:     GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGTTGGTATGGAGTTGTTGTCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|87014139|gb|CI273329.1|CI273329
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|88197252|gb|CI197102.1|CI197102
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGCCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|87015128|gb|CI273526.1|CI273526
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|3762032|gb|C99280.1|C99280
EST:     GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: GCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|86827378|gb|CI272800.1|CI272800
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
EST: gi|29642841|gb|CB647848.1|CB647848
EST:     AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATG                         GCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC
genomic: AGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 66 (downstream exon)
Score: 76

ACTCACGCACATGATCTCCATGCCTCTGACTGCTTACACGAACTCCGGCCAGGCGATAACATTGAGATCCAATGGAGAAGGAACAAGGAATTCCCCTATGgtatgttccc ... tgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG
     tatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG