1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aagaattaaattgttctttacattccagtaagctacttaatttccttaagtattattactggataccctgttaaaaatttgctgccgatgctttttacagATCTCAGACCCGGCCAAGAACCACTAGATTGGACAACACGGATGAAGATTGCTGCTGATGCAGCTGCTGGTTTGGAGTATCTGCATGATGAGGCCATTCC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g15470.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTATTTATGAATATATGCCATTGGGATCACTAGAAGACCGCCTTCACG ATCTCAGACCCGGCCAAGAACCACTAGATTGGACAACACGGATGAAGATTGEST: gi|25800162|gb|CA756123.1|CA756123
genomic: GCTTATTTATGAATATATGCCATTGGGATCACTAGAAGACCGCCTTCACGgttagtattt ... ctttttacagATCTCAGACCCGGCCAAGAACCACTAGATTGGACAACACGGATGAAGATTG
EST: GCTTATTTATGAATATATGCCATTGGGATCACTAGAAGACCGCCTTCACG ATCTCAGACCCGGCCAAGAACCACTAGATTGGACAACACGGATGAAGATTGEST: gi|58692998|gb|CK081685.1|CK081685
genomic: GCTTATTTATGAATATATGCCATTGGGATCACTAGAAGACCGCCTTCACGgttagtattt ... ctttttacagATCTCAGACCCGGCCAAGAACCACTAGATTGGACAACACGGATGAAGATTG
EST: GCTTATTTATGAATATATGCCATTGGGATCACTAGAAGACCGCCTTCACG ATCTCAGACCCGGCCAAGEST: gi|2317565|gb|C22619.1|C22619
genomic: GCTTATTTATGAATATATGCCATTGGGATCACTAGAAGACCGCCTTCACGgttagtattt ... ctttttacagATCTCAGACCCGGCCAAG
EST: GCTTATTTATGAATATATGCCATTGGGATCACTAGAAGACCGCCTTCACG ATCTCAGACCCGGGCCAAGAACCACTAGATTGGGACAACACGGATGNAAGA
genomic: GCTTATTTATGAATATATGCCATTGGGATCACTAGAAGACCGCCTTCACGgttagtattt ... ctttttacagATCTCAGACCCGG-CCAAGAACCACTAGATTGG-ACAACACGGATG-AAGA
ttaagtattattactggataccctgttaaaaatttgctgccgatgctttttacagATCTCAGACCCGGCCAAGAACCACTAGATTGGACAACACGGATGAAGATTGCTGCTGATGCAGCTGCTGGTTTGGAGTATCTGCATGATGAGGCCATTCC
tgcttttt CT-rich tract
tgttaaaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagaattaaattgttctttacattccagtaagctacttaatttccttaagtattattactggataccctgttaaaaatttgctgccgatgctttttacagATCTCAGACCCGGCCAAGAACCACTAGATTGGACAACACGGATGAAGATTGCTGCTGATGCAGCTGCTGGTTTGGAGTATCTGCATGATGAGGCCATTCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - ttgttct
- - - - - - - - - -acattcc
- - - - - - - - - - - - - - - agctact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taccctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgcc