Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcacatcagacataaaaaaacaacatgagtgctttgtgtccttccatatggtccttgtggtaaattgcagaaaaaccaaattgttgttacatctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATGGGTTTCCCTGTAGATGACCTTGAATTTGATCCTGACCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g14810.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g14810.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G044819_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
tcacatcagacataaaaaaacaacatgagtgctttgtgtcc-ttccatatggtcc--ttgtggtaaattgcagaaaaaccaaattgttgttacatctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATGGGTTTCCCTGTAGATGACCTTGAATTTGATCCTGACCTG
| | || | |  |  | | |  ||||  |   | | | |   ||  | || ||    || || | |||   |  |  |    | |    | |||| | ||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| || ||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||
taaaataatagtttgacataggacattggacttatatttggattggagatagtataattttgttcaatgcaactattatggcaatcacataacatttctgCAGGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATGGGTTTTCCAGTAGATGACCTTAAATTTGACCCTGACCTG

upper sequence: LOC_Os01g14810.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G044819_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
tcacatcagacataaaaaaacaacatgagtgctttgtgtcc-ttccatatggtcc--ttgtggtaaattgcagaaaaaccaaattgttgttacatctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATGGGTTTCCCTGTAGATGACCTTGAATTTGATCCTGACCTG
    || | |  |  | | |  ||||  |   | | | |   ||  | || ||    || || | |||   |  |  |    | |    | |||| | ||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| || ||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||
---aataatagtttgacataggacattggacttatatttggattggagatagtataattttgttcaatgcaactattatggcaatcacataacatttctgcagGCCTGGGAAGGACGTGCATATGACTATGGGATGGACAACCTCAAGAGCATGGGTTTTCCAGTAGATGACCTTAAATTTGACCCTGACCTG

upper sequence: LOC_Os01g14810.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G04580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
tcacatcagacataaaaaaacaacatgagtgctttgtgtccttccatatggtcct--tgtggtaaattgcagaaaaaccaaattgttg--ttacatctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATGGGTTTCCCTGTAGATGACCTTGAATTTGATCCTGACCTG
| |  | |   ||                |   |||   |  |   | |  | ||  | ||||||||    | |     |   |||||  ||       | ||||||||||||||| | |||||||| ||  ||||||  || || |||   |||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||||||
ttaggttatttattgtgtggtttttactttttcttggaactgtaggtttatttctattctggtaaat----ggacttttatgatgttgacttgtgctctttcagGCTTGGGAAGGGAGGGCTTATGACTACTGTATGGAAAACCTTAAGAATATGGGTTTCCCTGTTGATGGACTTGCCTTTGATCCTGACCTG

upper sequence: LOC_Os01g14810.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA15G21240.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
tcacatcagacataaa--aaaacaacatgagtgctttgtgtccttccatatggtccttgtggtaaattgcagaaaaaccaaattgttgttacatctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATGGGTTTCCCTGTAGATGACCTTGAATTTGATCCTGACCTG
| | |   |  ||  |    |      |     || |  ||  ||   | |     |  | |||| ||| |         |  ||||   |  | |   |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||  || || |||   |||||||||||| | ||||  ||||  |||||||| ||||||
tgaaagaggttatttattggattttttttcaaactataagttatttagtgtatgtatccttgtaa-ttg-aacttctttgatatgttcgcaagttttaacagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGACTACTGTATGGAAAACCTCAAGAATATGGGTTTCCCTATTGATGGACTTGCGTTTGATCCAGACCTG

upper sequence: LOC_Os01g14810.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G17950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
tcacatcagacataaaaaa-acaacatg-agtgctttgtgtccttccatatggtccttgtggtaaattgcagaaaaaccaaattgttgttacat--ctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATGGGTTTCCCTGTAGATGACCTTGAATTTGATCCTGACCTG
     |  || |||    |   |   ||  ||  ||  ||    |  |  |     |     ||  |    | |     |   |||||  |  |     | ||||||||||||||| | |||||||| ||  ||||||  || || |||   |||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||||||
----gtacgaaataggttatgtattgtgtggtttttcctggaactgtaggtttatttctatttaggtaaatggacttttatgatgttgacatgtgctctttcagGCTTGGGAAGGGAGGGCTTATGACTACTGTATGGAAAACCTTAAGAATATGGGTTTCCCTGTTGATGGACTTGCCTTTGATCCTGACCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29627736|gb|CB632747.1|CB632747
EST:     GTGTCATTGGCTATGATATGGACTATACATTGATTCACTACAATGTGATG                         GCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATG
genomic: GTGTCATTGGCTATGATATGGACTATACATTGATTCACTACAATGTGATGgtacttcaat ... atctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatggtccttgtggtaaattgcagaaaaaccaaattgttgttacatctatgcagGCTTGGGAAGGGCGTGCTTATGATTATGGTATGGCCAATCTGAAGGGCATGGGTTTCCCTGTAGATGACCTTGAATTTGATCCTGACCTG
                                aaattgtt  TA-rich tract