1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...acttgagagttgagatgaattcaattaggtaggaaaaacgtaccagcaatagtatatttgccagattctgattttaaaattcgtgttaatccaactccagATGGGTTTCGTCTTTGCGCACGGCTGCCTGCATCAACACTCATGTAGAGTAGGTGGTCAATCCAAGAAGATGATGCTGCTGCTGCTGCATAGTGCTATAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g10530.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGACATGTTTTTCCTGAGCTGTTGAGGAGGAGTAAGCTGTAGGTTGAAG ATGGGTTTCGTCTTTGCGCACGGCTGCCTGCATCAACACTCATGTAGAGTAEST: gi|58676858|gb|CK065545.1|CK065545
genomic: TGGACATGTTTTTCCTGAGCTGTTGAGGAGGAGTAAGCTGTAGGTTGAAGgtatgttagt ... ccaactccagATGGGTTTCGTCTTTGCGCACGGCTGCCTGCATCAACACTCATGTAGAGTA
EST: TGGACATGTTTTTCCTGAGCTGTTGAGGAGGAGTAAGCTGTAGGTTGAAG ATGGGTTTCGTCTTTGCGCACGGCTGCCTGCATCAACACTCATGT
genomic: TGGACATGTTTTTCCTGAGCTGTTGAGGAGGAGTAAGCTGTAGGTTGAAGgtatgttagt ... ccaactccagATGGGTTTCGTCTTTGCGCACGGCTGCCTGCATCAACACTCATGT
gcaatagtatatttgccagattctgattttaaaattcgtgttaatccaactccagATGGGTTTCGTCTTTGCGCACGGCTGCCTGCATCAACACTCATGTAGAGTAGGTGGTCAATCCAAGAAGATGATGCTGCTGCTGCTGCATAGTGCTATAA
tgttaat putative branch site (score: 11)
attctgattttaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acttgagagttgagatgaattcaattaggtaggaaaaacgtaccagcaatagtatatttgccagattctgattttaaaattcgtgttaatccaactccagATGGGTTTCGTCTTTGCGCACGGCTGCCTGCATCAACACTCATGTAGAGTAGGTGGTCAATCCAAGAAGATGATGCTGCTGCTGCTGCATAGTGCTATAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC