Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatccacgcttttgcttactgttacaatttacaaagctgtctgacttacacaaaatactgtcattctatactagGTAGCAGCAAACCCAACTGGAGCTGTGGGTTCACTAACTTTTATCTGCCAGGCCTGTGCAAGTTGGAAC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.2
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 26
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 26
------gtacatccacgcttt-tgcttactgttacaat-ttacaaagctgtctga-cttacac-aaaatactgtcattctatactagGTAGCAGCAAACCCAACTGGAGCTGTGGGTTCACTAACTTTTATCTGCCAGGCCTGTGCAAGTTGGAAC
      ||| |||||  | |  || |||  | | || | || |  | |||  ||| |||   |  ||||  | |     || || |||| ||||||||||| || ||||| |  |||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||  
gtatatgtatatccagacctcctggttatggctgcattcttccttatctgggtgatcttgttctgaaatcttatttggttacaccagGTGGCAGCAAACCCTACAGGAGCCGCTGGTTCATTAGCTTACATCTGCCAGGCCTGTGCAAGTTGGACT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttacaatttacaaagctgtctgacttacacaaaatactgtcattctatactagGTAGCAGCAAACCCAACTGGAGCTGTGGGTTCACTAACTTTTATCTGCCAGGCCTGTGCAAGTTGGAAC
                       gacttac  putative branch site (score: 2)
                                         tcattct  putative PPT
      aatttacaaa  TA-rich tract